在饮食结构合理、能从正常饮食中摄取所需营养、生活方式良好的情况下不需要长期吃益生菌；长期吃益生菌会有依赖性。
健康人的肠道里有3种细菌：有益菌（益生菌）、有害菌和条件致病菌，这些细菌按一定比例存在，通过多种途径抑制致病菌的过度繁殖，调整人体防御机制以对抗入侵的病原体。“益生菌对维持菌群平衡，防止因菌群失调引起的腹泻有积极作用。
但是益生菌口服制剂只限于在临床上用于治疗肠道功能衰竭或失调的患者，口服益生菌产品虽然能在短时间内使人体肠道获得有益菌，但长期服用会对人体构成潜在的危害。因为人体长期使用人工合成的益生菌产品，会促使肠道功能逐步丧失自身繁殖有益菌的能力，久之人体肠道便会产生依赖性，医学上称之为“益生菌依赖症”。
益生菌只有“活的”才益生
酸奶是牛奶发酵得到的。一般酸奶由2种特定的乳酸菌菌种来发酵：保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌。而这两种细菌通常也被当作益生菌。美国普度大学生物与食品工程专业博士云无心指出，虽然在酸奶的营销中，商家通常会给予益生菌浓墨重彩的一笔，但其实没必要把它作为吃酸奶的理由，因为其中的益生菌到底能起到多大作用，主要还是依靠“推测”，真正的临床证据并不是那么丰富。
含有益生菌的酸奶或乳酸菌饮料，其起保健功能的主要是“活的”益生菌。不可否认的是酸奶在刚刚生产出来的时候往往带有大量活菌，但经过包装、出厂、运输、上架、销售等一系列过程后，酸奶中含有的活性益生菌会因为保存温度的变化而死亡。因此，这些活性菌在人喝了之后，又有多少能存活到进入大肠并定居下来还未可知。
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