益生菌的概念是在20世纪初，由一位在巴黎巴斯德研究所工作的俄罗斯科学家梅契尼柯夫提出来的，梅契尼柯夫同时也是1908年的诺贝尔奖得主。梅契尼科夫认为乳酸菌是一种益生菌，对健康和预防衰老有积极的影响。根据一份共识文件，酸奶和其他由发酵牛奶制成的食品可以被认为是最早的功能性食品。按照世界卫生组织给出的定义，益生菌是指当摄入足够数量时、能够对人体健康带来好处的微生物。当选成为「益生菌」需要满足三个标准：既菌种符合规定、需要有足够的量能到达肠胃、对人体能够产生明确的健康好处。益生菌虽然对人体有益，但是不建议用益生菌产品代替医生开的、用于治疗疾病的药品。
首先益生菌在温度超过40℃时会失去活性，所以益生菌粉剂、片剂和胶囊需要用温度不高于40℃的水送服。像液体、半固体益生菌产品对温度要求更为严苛，一般需要2-8℃冷藏才不容易失活。因此，在选择此类益生菌时，也要注意运输和储存的温度，确保其活性。其次切忌与抗生素同时服用，这里说的“同时”是指在同一时间点，并不是指联合使用，益生菌向来是抗生素的好搭档。众所周知，抗生素能够杀灭人体内的细菌，破坏肠道菌群平衡。因此，服用抗生素后通过补充益生菌来调节肠道菌群平衡也是非常必要的，但是记住一定要间隔两小时以上再吃益生菌，因为抗生素在杀灭细菌时不具有选择性，同时服用，很容易导致益生菌也被抗生素消灭，让其难以发挥作用。
再者切忌与吸附类的药物同时服用，比如蒙脱石散是一种吸附剂，能够吸附肠道里的病毒、细菌和毒素。但是，不宜与益生菌连用。因为，蒙脱石散也会吸附益生菌，不利于益生菌在肠道中定植扩散发挥作用。因此，服用蒙脱石散时，一般间隔2小时后再服用益生菌。另外，不少消化不良的人，会将益生菌类药物和果胶铋等铋剂合用。其实，铋剂、鞣酸（如鞣酸蛋白）、药用炭（如爱西特）、酊剂（如颠茄酊）等制剂有抑制吸附活菌的作用，合用会影响到益生菌的疗效，所以最好也不要一起使用。
益生菌冲泡之后，切忌久置。有的人冲泡益生菌后，忙其他事情去了，或者冲泡的水太多，喝不完了，就放在那里，什么时候想起来了再接着喝。这种习惯是非常不好的，冲泡之后久置会使益生菌的活性大大降低，严重影响其效果。因此，冲泡之后请立即饮用。总的说来，益生菌的活性需要小心维护，所以服用益生菌时，一定要注意其禁忌事项，才能让益生菌更好地发挥作用。
益生菌最重要的作用就是调节肠胃，能够帮助食物消化，但是服用益生菌并不是完全有好处的，如果不正确的服用方式，很有可能会引起副作用，所以了解益生菌的服用禁忌也是很重要的。益生菌比较怕热，所以要冷藏保存。而且他特别容易被吸附，因此在和其他药物共同服用的时候要注意，可能会起到抑制作用。
益生菌不能够和具有消毒性的药物同服用，由于益生菌是具有活性的，如果服用抗菌药物，这些活菌可能会被抗菌药物当作病毒杀死，喝了就没有什么作用。尤其是在患胃病的时候，有的人会服用一些抗菌药物或者止疼药，但是就要注意，不能同时服用益生菌，虽然益生菌也能够调理肠胃，但是两者在一起就会抵消掉作用，如果真的要服用，最好在服药过后两个小时再服用益生菌。
益生菌特别怕热，它是作为活菌在人体内发挥作用的，所以温度过高的情况下，活菌就会被灭活。益生菌的最佳温度与人体的温度比较近，所以超过37度它的活性就会被灭活。而且温度越高，活性越弱。因此即使是天气不热的情况下，也最好放在冰箱冷藏。如果条件不允许也不要超过37度，否则益生菌就没有作用了，一般从超市买回来的都是冷藏过的，最好及时喝或者放在冰箱，千万不要用开水烫过后再喝。
益生菌比较容易被吸附，当患有胃炎或者腹泻的时候，很多医生会开一些治疗胃病的药。比如蒙脱石散或者胶体果胶铋，这些药物有吸附作用，能够抑制细菌繁殖，所以能够缓解胃炎或者胃肠道疾病，但如果服用益生菌，就会抑制他的疗效。所以这种药物也不能和益生菌同时服用，最好是空腹服用益生菌，或者在吃别的东西之后两个小时再服用。