中药指纹图谱是一个广泛的术语，可以依据不同的分类标准进行划分。狭义上，它专指中药的化学成分指纹图谱，而广义上则包括根据应用对象和测定手段的分类。
首先，按应用对象划分，中药指纹图谱可以应用于制剂研究和生产过程的各个环节。具体来说，有中药材(原料药材)指纹图谱，用于研究和质量控制；中药原料药(如饮片、配伍颗粒)指纹图谱，关注药物原料的特性；而中药制剂指纹图谱则关注成品的成分分布。此外，工艺生产过程中的中间产物指纹图谱也是一个细分领域。
建立中药材指纹图谱时，需要考虑多种复杂因素，如品种混杂、同名异物、异名同物，以及成分受产地环境和有效部位影响的波动。因此，对特定中药材的指纹图谱研究需要大量的数据积累，以便制定精确的相似性标准。
从测定手段角度看，中药指纹图谱可分为化学成分指纹图谱和生物指纹图谱。化学成分指纹图谱基于中药材的化学成分测定，利用诸如紫外光谱、红外光谱、质谱、核磁共振等技术，反映植物个体间的代谢差异。尽管生物环境和生长年限影响个体间的差异，但同一物种的化学成分具有一定的相似性，这为指纹图谱的构建提供了基础。
相比之下，中药生物指纹图谱主要依赖于测定中药材的DNA图谱，利用其种属鉴定、植物分类和品质研究的独特优势。在中药材GAP基地建设、种植规范和优良种质资源选择等方面，DNA指纹图谱具有重要价值。
总的来说，中药化学成分指纹图谱和生物指纹图谱各自在中药质量控制中发挥着关键作用，为中药的标准化和质量保证提供了科学依据。
中药指纹图谱是指某些中药材或中药制剂经适当处理后，采用一定的分析手段，得到的能够标示其化学特征的色谱图或光谱图。 中药指纹图谱是一种综合的，可量化的鉴定手段，它是建立在中药化学成分系统研究的基础上，主要用于评价中药材以及中药制剂半成品质量的真实性、优良性和稳定性。“整体性”和“模糊性”为其显著特点。