土地使用权二次抵押的进行流程如下：
1、首先一般需取得第一抵押权人同意该第二次抵押事宜的证明材料原件。
2、要弄清楚需办理二次土地抵押的土地上是否有建筑物、其他附着物、或是有在建工程的等。
3、抵押双方协商委托具有相关评估资格的评估公司对需抵押的土地出具土地估价报告。
4、抵押双方签订好抵押合同、借款合同、抵押物清单等，如果土地、房产共同抵押或多宗土地抵押的，须明确土地抵押贷款额。
5、如涉及土地分割、分摊的一般需要提供土地分割评估、抵押范围图原件，分割、分摊土地抵押一般须经抵押双方盖章确认后再到当地国土资源信息中心办理。
6、抵押权人出具的地价确认证明原件。
7、准备好抵押双方的资格确认材料，企业一般提供营业执照、组织机构代码证、法定代表人身份证等，个人一般提供个人户籍证明或身份证等。
8、如是委托办理的，准备好经办委托书原件别忘了提供受委托的经办人身份证复印件。
9、准备好土地登记申请书原件，并按填好申请书各项内容，加盖双方公章，可到当地国土资源局受理点领取或在网上下载。
10、最后带上原来的《国有土地使用证》原件到当地国土资源局受理点办理即可。