1. 《新世纪福音战士》
《新世纪福音战士》片中革命性的强烈意识流手法，大量宗教、哲学意象的运用，在日本社会掀起被称为“社会现象”程度的巨大回响与冲击，并成为日本动画史上的一座里程碑，同时被公认为日本历史中最伟大的动画之一。
2. 《哆啦A梦》
漫画叙述了一只来自22世纪的猫型机器人——哆啦A梦，受主人野比世修的托付，回到20世纪，借助从四维口袋里拿出来的各种未来道具，来帮助世修的高祖父——小学生野比大雄化解身边的种种困难问题，以及生活中和身边的小伙伴们发生的轻松幽默搞笑感人的故事。
3. 《樱桃小丸子》
本作品是以作者的童年生活为蓝本，故事围绕着小丸子以及其家人和同学展开，有关于亲情、友谊，或是一些生活小事，其中有笑有泪，令人回想起童年的稚气。
4. 《灌篮高手》
《灌篮高手》的影响力已经超越了一部单纯的漫画作品。井上雄彦让一代代少年从他的作品开始爱上篮球并最终投身于这项运动。2007年，集英社设立“篮球奖学金”，派遣优秀的高中篮球选手赴美留学。2010年，井上雄彦受到了日本篮球协会的特殊表彰，以鼓励他在推广篮球运动方面做出的贡献。
5. 《足球小将》
《足球小将》是日本一部以足球为题材的动画片，它的影响力不仅带动着日本足球的发展，还使许多人因其而喜欢上足球。深深地影响80、90后的大部分人。
6. 《钢之炼金术师》
故事发生在一个炼金术相当发达的世界，在这个世界的“炼金术”，是以理解物质的内在的法则：理解，分解，再构造成立，进行炼金术必须按照“等价交换”法则：为了获得某种东西，需要以同等的代价交换，代价不够的话便需要以自己的任何部份（身体的一部分、记忆等等）被作为代价的填补而被拿走。
（注：前面一大段都是解（话）释（唠），没兴趣看可以跳过。）
楼下说的几乎都是按照个人兴趣推荐的作品，带有强烈主观性色彩，有参考价值，有借鉴意义，但就是没一个正确的。
看到题主说“集数最好多一点”，那大概是不清楚日本动漫的制度，也可能是知道了，但以防万一这里还是解释一下。
新番动漫的集数是一定的，有月番、季番、半年番、年番等分类。番是动漫的量词，代指动漫（我国是用“部”，日本是用“番”）。月番就是播出三个月，12集左右。季番播出一个季度，24集左右。以此类推。一直不停的播出的，那就不叫新番，那就是所谓的民工番。现在比较多的，就是月番和季番，集数超过一季度的很少了，至于民工番那就就那么三、四部。民工漫还有别的意思，这里不提。
以上是背景。
通过上面的背景，稍稍动些脑筋就能看出，动漫市场里面占大头的明显是新番。每年的新番数量不下百部。真正制作精良的都是新番。制作精良的才能称为神作，拖剧情、搞迂回，这都是硬伤，都称不上神作，因此，民工番不能参与神作的评选！（银他妈哭晕在厕所）。
我为什么要说上面这些话呢？因为这都是背景。（好吧我承认我是话唠=。=）
下面说一下“神作”这个词，这个词已经被用滥到我等不可坐视不理的地步，所以现在要好好纠正一下。公认的神作只有那么几部，那些动辄列几十部出来的可以够，喜欢的东西可以理直气壮说我喜欢，但不可以断言这个就是经典啊、神作啊。动漫这个东西时间性很强，过几年你的欣赏水平就会完全改观，那时候你还能理直气壮说你现在欣赏的作品就是神作？
（我最爱的作品都被我亲手剔出了候选行列，你们还有什么不满足的呜呜）
神作，第一要看影响，第二要看制作，第三要看剧情。而且要经得住时间考验，要经得住人心变迁，所以只有下面这几部才是神作：
=============上面是解释===================================
===========下面是正式介绍==================================
新世纪福音战士（EVA）
为什么EVA是神作？原因很多。第一当时日本动漫行业全行业不景气，EVA的出现力挽狂澜，改写了历史，影响大，神；第二在EVA之前人们始终都是将动漫视为孩子的点心，但EVA证明了动漫仍然可以成为讲述一个成熟故事的载体，改变了人们对整个行业的观念，划时代，神；第三，EVA的整个制作简直可以称得上神，大家回忆一下童年，哆啦A梦、龙珠那些动漫，跟现在的动漫比起来，是不是在画风和制作上都有显著的不同？最显著的不同就是，现在的动漫的表达“成熟”一些，而曾经的那些动漫，怎么看都只能让人想到孩子。从什么时候开始变的？答：EVA。
此外，严密的设定、流畅的叙事、（傲娇和三无的）开山鼻祖式人物……这些都让这部动漫超越了它载体的意义。它是动漫，但它却改变了动漫本身。这就是大家公认EVA神作的原因。
（什么？你说你看不懂EVA？那我没办法了。）
很多人喷EVA的原因是觉得第一看不懂，第二觉得没有夸的那么好看。废话。你现在回头看这部动漫，当然会觉得过时，因为它是95年的。它只是现代动漫的一个雏形。如果你用现代的眼光去看EVA，用现在的标准去衡量，当然会得出一个错误的结论。（当然，我也认为，很多人并不是看不惯EVA，而是看不惯EVA的拥护者武断的态度，因此引发了很多骂战。我只能说，大家都换位思考一下。）
然后，没有2，因为从意义上讲，没有能和EVA并列的作品。
但是这并不意味着，EVA是最好的。并不是说没有比EVA好的作品。EVA意义是最大的，但它不完美，甚至缺憾很大，因为tv版做的时候没钱了。
“我们没钱了。”
下面评选就靠人气和制作了。争议比较小（并不是没有争议）的主要是以下几部：
2.Fate/Zero
上榜理由：首先老虚的剧本就是保证（保证虐死你）。投入项目中的经费据说可以买下比利时。动作镜头处理吊炸天。播出时的情形可谓万人空巷。9.5分。
3.凉宫春日系列
上榜理由：与其说动画神，不如说小说神，与其说小说神，不如说京阿尼神（经）。凉宫春日系列轻小说给日本轻小说界带来一阵清风，这种有功底的叙事和饶有趣味的软科幻，给日轻注入一汪活水。但再神不如京阿尼的“无尽的八月”（还是头一个敢这样玩观众老爷的）。但时隔这么多年，团长的名声依旧响亮。凉宫春日的忧郁加上凉宫春日的消失，9分。
4.物语系列
上榜理由：新房昭之+西尾维新。
这两个人不该搞在一起。
幸亏这两个人搞在了一起。
物语的成功可谓缔造了神话。不可能动画化的小说动画化了，还有什么是新房做不到的？新房一直是个个人特色极强的监督，物语系列之后，新房终于开创了一种风格，这种（后现代）的风格开始为其他的监督所接收，并且有开始传播的迹象。从这个角度讲，物语系列也算是一座里程碑。（新房当然还有其他优秀作品如绝望先生，但论影响和火候，自然还是物语系列）8.5分。
=====================更新======================================
5.虫师
恭喜虫师荣登神作榜。
其实我早就想把虫师搞到神作榜上，但无奈找不到由头。结果虫师续章出来了，我想，好机会。
虫师续章是四月番，因为我现在不追番了，所以居然不知道虫师出第二季的消息。我根本没想到有生之年居然还能看到虫师的第二季。要知道，虫师第一季可是过了整！整！九！年！啊！
我还记得九年前，幼稚的层主刚刚跟小情人分手，哭得一塌糊涂之后搜治愈番，结果搜到了虫师。那个时候层主还不是宅。
层主瞬间就被虫师震撼了。漆原友纪奇诡的幻想、增田俊郎恬静的音乐，再加上美得一塌糊涂的画面，深深的治愈了当年幼稚的层主。
现在九年过去了。
虫师还是当年的味道，一点没变。
九年之前层主还不是宅，现在已经从资深宅到快要淡出宅。
九年前层主还在为初恋烦恼，现在已经身负让家人幸福的责任。
九年前层主还是个萌萌的小正太，如今节操已经是路人。
春天看虫师，如饮香茶。
夏天看虫师，如饮清茶。
秋天看虫师，如饮苦茶。
冬天看虫师，如饮醇酒。
虫师是神作。9分。
想起来再补。
以上纯属个人意见，重申，是个人意见。因为很重要所以说两遍。
一、叛逆的鲁鲁修
我认为最好看的动漫，严谨的故事主线，离奇的线索构思，丰满的人物刻画，加上智战、机战带来的激动人心，神作中的神作。而这部动画中所蕴含的对社会、责任、牺牲的观念更是引人深思，主角从一开始仍稍显幼稚，到最后用一个所有人都想不到的结局，拯救了这个世界。这部动漫我已经看了三遍，每一边看后都有新的感觉。还有，我是车夫党。
二、死亡笔记
在我接触这部动漫时他就已经在正规播放平台上禁播，原因是带有错误引导的社会观。也的确是这样，主角因自身的原因，看待社会和善恶有些极端，不建议14岁以下观看。但这部动漫是真正的神作全程每集都在高能的智战当中，心里描写占比重很多。其中对人性和正义的思考一直在进行，到底什么才是正义，而为了达到正义，做出怎样的事才算才算不值得，一切都需要我们去思考。
三、虫师
这部动画是我在看完死亡笔记后才看得，那是我沉浸在高强度用脑之后，思绪很沉重，这时，我找到了虫师，从op开始，我就已经沉醉了，进入正片，其中柔和的画面，轻缓的背景音乐，将你完全带入梦幻的世界。一集看完，让我完全从之前的沉重中恢复过来，在心情不好时看绝对治愈，这部动漫我到现在还没看完，因为我总是不想连着看，总是看一些其他的嘈杂的烦累了时，看一集虫师，那是才是享受。
四、进击的巨人
如果说上面三部稍显冷门，那么这一步人气就高多了，但它确实值得上高人气，它不缺少对人性的思考，对友谊正义的追求，并有了更多的上面三部没有的热血，当调查兵团的战士们飞起冲向巨人，当艾伦愤怒的挥拳，我马上就燃了，虽然动画指出了一部，但我不知道看了几遍了。
当然，并不是神作才是最好的，我理解的神作是没有多余扩展的剧情，又有深刻的对人性现实的思考的作品。但这不妨碍我喜欢其他作品，像如火影就是我的最爱，火之意志永远在我心中，三大长篇我都看了，我认为如果真要看动漫，这种长篇反而更适合从小看，留下的印象也深刻。总之，动漫就是各有所爱，没有一部动画受所有人喜爱。
我爱动漫
clannad
AIR
EVA
未闻花名
叛逆的鲁鲁修
悠久之翼
fate/zero
命运石之门
这些是我个人认为的神作
以下是我认为的准神作：
罪恶王冠
樱花庄的宠物女孩
夏目友人帐
好想告诉你
龙与虎
fate系列
Angel beats
轻音少女
以下为佳作
雪之少女
命运石之门
魔法禁书目录
某科学的电磁炮
花开伊吕波
凉宫（本来应该是准神作的但是因为京阿尼无尽的八月所以我不爽） 等
我个人的对于这些作品评价主要是几点
代入感 每部佳作都能让我对于这部剧本有很强的代入感，会有一种心的小触动
情感 每部作品看完总会给予人一种强烈的感触 并且从中体会到一些莫名的情绪 后悔 虐心 哭泣 心痛 向往 温馨 等等的感情
意义 可以从中领会到一些意义 励志 友情 爱情 亲情 例如轻音日常温馨的友情描述 造就了一批乐器爱好者 clannd的亲情友谊描述 造就了一批死宅
剧情 剧情能否打动人心是一个很重要的评价点
楼主满意请采纳
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给出三个心中的神作
eva。clannad。鲁鲁修。
eva，日本动漫从幼稚走向深刻的里程碑，其中用到的超越时代般的剪辑手法，用意识流展现哲学，前无古人后无来者的宗教世界观，天马行空般的科技展示与机甲设定，心理病态的主人公代表九十年代日本颓废的一代青少年不知为当时多少人指明了出路摆脱了心魔，在社会上掀起巨浪，这样的作品我没见过第二部。
clannad，刻画人类情感生活的巅峰之作，普通的制作，普通的背景，普通的人和事，因为情感而变的深刻，团子大家族所诠释的家的意义更是温暖了一代人的心灵，贴近现实却又超越现实，多少沉迷于科幻神魔世界的人因为这一部作品而感受到了平凡现实生活的伟大，而更加地热爱自己的生活。写作clannad，读作人生，很难用文字理性地分析这部作品，却又一次一次在情感上将这部作品推向巅峰。
鲁鲁修，一部立体般的王道神作，当年最热的最成功的最完美的动漫，唯美细致的画风，出神入化的监督，名扬四海的声优，超越时代的编剧，经典的原声背景音乐，不可一世的主角。将时代元素融于一体，政治，历史，军事，战争，机甲，科幻，神魔，校园，恋爱，推理，搞笑，中二，世界观，哲学。无论从任何角度来看这部作品，都可以称为经典，最为可贵的是它不像一些伪神作故弄玄虚刻意地去制造深度让人看不懂，任何人都能看懂，但却百看不厌，在人生的不同阶段看都会有不同的感受，不像有些作品明明已经被淘汰却靠情怀被称为神作，实际上早已成为了人们显摆的工具。我承认，这部作品存在争议，也很中二，但也不得不承认，这是代表了一个日本动漫时代的作品，这个时代就是中二的，华丽的，自大的，虚荣的，这是不完美的完美，这是我们的动漫时代。本回答被网友采纳