日本动画公认三大神作一般是指《宇宙战舰大和号》、《新世纪福音战士》、《机动战士高达》。《机动战士高达》与《宇宙战舰大和号》、《新世纪福音战士》（EVA）并称为日本科幻动画的3大里程碑。
《宇宙战舰大和号》剧情简介：
公元2199年，地球因遭到神秘行星加米拉斯的攻击而濒临灭亡的危机。游星炸弹所释放出的放射能污染了地球表面，人类不得已只能逃到地底苟且偷生，连最终希望的地球防卫军宇宙舰队，也在冥王星战役中惨遭全灭。正当人类陷入绝望之际，远在14万8千光年外的伊斯坎达尔星却为地球带来了希望。配备了「波动引擎」的大和号正缓缓地启动，即将展开一场来回29万6千光年的浩瀚旅途。
冥王星越来越近了，为了解除游星炸弹对地球的威胁，大和号于是计划攻击冥王星基地，而加米拉斯冥王星基地司令则打算利用最新武器「反射卫星炮」加以还击。大和号进入了反射卫星炮的射程范围，却因为冥王星上还有其它生物，因此无法以波动炮展开反击。在反射卫星炮集中火力攻击之下，大和号的制动装置开始产生异常，最后沉入冥王星的海底深处。
由于大和号在冥王星一役的英勇表现，终于解除了游星炸弹对地球长期以来的威胁，但也因此引起了加米拉斯帝国大德斯拉的注意。脱离了太阳系之后，大和号一路朝着伊斯坎达尔快速前进，却在途中遭遇德斯拉机雷防卫线的阻挠。面对如此庞大的雷区，冲田舰长决定利用机雷部署的间隔直接穿越雷区以节省时间，不料机雷群却悄悄地缩小间隔并团团围住大和号，令大和号陷入动弹不得的险境之中。
大和号以地球与大麦哲伦星云的中间点「巴朗星」为目标努力前进，然而加米拉斯帝国的常胜多梅尔却早已在该星域布下重兵以逸待劳。擅于谋略的多梅尔利用巴朗星上的加米拉斯基地为饵，一方面诱使大和号全力向该基地进攻，一方面趁隙遥控绕行于巴朗星轨道上的人工太阳坠落直击大和号。大和号发现此事后随即调头180度企图以波动炮击毁人工太阳，但一切似乎已经太晚了。
《新世纪福音战士》剧情简介：
故事描述的是一个有关“第二次冲击”的记事。公元2000年有颗巨大的陨石坠落在南极冰山附近（宣称），高温造成部分冰块溶化，连带使得全球水位上涨，接下来的天灾人祸更是连绵不断，公元2015年又出现了新的入侵者，一种似人的巨大机械战斗群，人们将之称为”使徒”，大概是影射他们是上帝派来的使者，要来消灭作恶多端的人类吧。人类此刻的各种军事武器对使徒可说是毫无用处，为此，当时地球的中心决定重用NERV这个组织，他们以最精密的技术，花费巨资研究出一种以驾驶员的神经直接控制的”泛用人形决战兵器”，这种高科技产物将驾驶员与机器做了精细的契合，籍由意志及身体的反映来控制EVA。不过由于当时这些技术还在研发阶段，所以有许多障碍还无法立即克服。而且因为并不是每个人都能的驾驶EVA。驾驶人选一直是NERV最头疼的地方，除了符合条件的人难觅，而且还必须经过几个月训练才能和EVA达到同步活动的基本能力。而后，在世界上发现了3名可以驾驶EVA的少男少女，人们把希望都寄托在了他们身上。
《机动战士高达》剧情简介：
(讲述卫星SIDE-3上的吉恩公国为脱离地球联邦而进行的吉恩"一年",吉恩公国在早期发动英伦作战将卫星SIDE-7坠落地球,并率先使用MS重创联邦军.在吉恩公国的全盛期占领地球1/3土地.但最终因为内部纷争和联邦军新式武器:高达RX-78而最终失败)
《宇宙战舰大和号》（宇宙戦舰ヤマト，英文：Spacebattleshipyamato），堪称是日本动画的始祖级作品。原作和动画导演是日本著名漫画家松本零士。其代表日本动画起步之作。动画1期于1974年10月6日—1975年3月30日在日本电视台和读卖电视台播出，全26集。动画1期总集篇于1977年8月6日上映。
《新世纪福音战士》是由GAINAX、龙之子工作室共同制作的日本动画作品，简称EVA。于1995年10月4日-1996年3月27日在日本东京电视台首播，全26集。由庵野秀明担任主要编剧及总导演，贞本义行担任角色设计，绪方惠美、林原惠美、宫村优子、三石琴乃等人担任主要配音。