区域复合生态系统评价就是评价区域复合生态系统质量的优劣及其变化的趋势（傅伯杰，2001）。复合生态系统理论和可持续发展思想相通，可持续发展正是区域复合生态系统的目标，因此区域复合生态系统评价具有重要的现实意义。
（一）评价原则
复合生态系统的评价不仅包括系统综合水平、群落水平、种群及个体水平等多尺度的生态指标来体现系统的复杂性，还应兼收物理、化学方面的指标，以及社会经济、人类健康指标。因此，指标选择要遵循这样的原则：要从生态系统的综合整体角度考虑，空间尺度合适，指标选择简明规范并且要易于操作，以达到正确反映复合生态系统状况，提供复合生态系统的现状面貌及变化的趋势，以及反映出复合生态系统变化的原因并且能够为决策提供依据和解释等目标。
（二）评价方法
1.层次分析法
层次分析法是一种定性和定量分析相结合的评价方法，它将评价者对复杂系统的评价思维过程数字化，具有较强的逻辑性、实用性和系统性。层次分析法的基本原理是对评价系统的有关方案的各种要素分解成若干层次，并以同一层次的各种要求按照上一层要求为准则，进行两两的判断比较和计算，求出各要素的权重。层次分析法一般分为四个步骤：第一是建立层次结构模型；第二是构造两两比较判断矩阵；第三是计算矩阵的最大特征根（λmax）及其对应的特征向量（ω1，ω2，ω3，…，ωi）；第四是层次排序及其一致性检验（熊立，2005）。
A — —B判断矩阵中数值的确定方法如下：
an=1，当Bi与Bj同等重要时（含i=j）
an=3，当Bi比Bj稍微重要时
an=5，当Bi比Bj明显重要时
an=7，当Bi比Bj很重要时
an=9，当Bi比Bj极端重要时
an=2、4、6、8为上述相邻判断的中值
倒数，an表示因素i与因素J比较的结果，因素J与因素i比较则为其倒数1/an
一致性检验中，CI＝（λmax-n）/（n-1）,CR=CI/RI，若CR< 0.1判断矩阵通过一致性检验，判断矩阵具有满意的一致性。
2.评价模型
建立示范区复合生态系统评价指标体系后，确定各指标判断标准，示范区复合生态系统各层次及其总体质量综合指数的计算方法是从基层到高层，直到最后复合成一个具体的数值，其评价模型为：
岩溶峰丛洼地生态重建
式中：Q代表示范区复合生态系统总体质量综合指数，可以用来表征示范区复合生态系统优劣状态，也可用来分析不同时期示范区复合生态系统总体质量的变化趋势；ωi为制约层B—目标层A的权重系数；ωij代表指标层C—制约层B的权重系数；Gij代表不同层次评价指标在分级标准中的分值。