农村饮水安全工程应由各级水务局（水利局）承担主要管理责任。
水务局是政府的水行政主管部门，主要负责水利工程建设管理，防汛抗旱，水资源管理等，负责统一管理市、县水资源（包括地表水、地下水、再生水、外调水）；
会同有关部门拟订水资源中长期和年度供求计划，并监督实施；组织实施水资源论证制度和取水许可制度，发布水资源公报；指导饮用水水源保护和农民安全饮水和水文管理工作。
一些省份的地方行政法规就明确规定了县级人民政府是农村饮水安全的责任主体，对农村饮水安全保障工作负总责，负责农村饮水安全工程的行业管理和业务指导。
因此农村饮水安全工程一般归当地水务部门（水务局）主管。
扩展资料：
各有关部门要在政府的统一领导下，各负其责，密切配合，共同做好农村饮水安全工作。
发展改革部门负责农村饮水安全工程项目审批、投资计划审核下达等工作，监督检查投资计划执行和项目实施情况。
财政部门负责审核下达预算、拨付资金、监督管理资金、审批项目竣工财务决算等工作，落实财政扶持政策。
水利部门负责农村饮水安全工程项目前期工作文件编制审查等工作，组织指导项目的实施及运行管理，指导饮用水水源保护。
卫生计生部门负责提出地氟病、血吸虫疫区及其他涉水重病区等需要解决饮水安全问题的范围，有针对性地开展卫生学评价和项目建成后的水质监测等工作，加强卫生监督。
环境保护部门负责指导农村饮用水水源地环境状况调查评估和环境监管工作，督促地方把农村饮用水水源地污染防治作为重点流域水污染防治、地下水污染防治、江河湖泊生态环境保护项目
参考资料来源：百度百科—农村饮水安全工程建设管理办法
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