1、账务处理可参照《农民专业合作社财务会计制度》的相关规定。
2、税务处理方面主要是根据财税〔2008〕81号《财政部 国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》的规定进行处理，在国税机关办理税务登记及相关事宜。
具体情况介绍：
一、增值税。根据财税[2008]81号文件规定，对农民专业合作社要弄清楚以下几项税收政策：
1、对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。这里有一个条件，农业产品必须是"本社成员生产的"，否则就不能享受免征增值税优惠。
2、增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。这里明确购进的是农民专业合作社的"免税农业产品"，其他农业产品或商品则必须按照现行政策规定计算抵扣。因此，对农民专业合作社销售给增值税一般纳税人的其他农业产品则要考虑税收问题。
3、对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。这里规定的是"向本社成员"销售上述六种商品，才可以享受免征增值税，否则不能享受免征优惠。因此，在实际经营中既要把握好销售对象又要把握好规定的商品品目。
4、视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税政策依据。《中华人民共和国增值税暂行条例》(以下简称《增值税暂行条例》)第十六条规定，农业生产者销售的自产农业产品免征增值税。财政部国家税务总局《关于印发〈农业产品征税范围注释〉的通知》(财税[1995]52号)对"自产农业产品"做了规定：《增值税暂行条例》第十六条所列免税项目的第一项所称的"农业生产者销售的自产农业产品"，是指直接从事植物的种植、收割和动物的饲养、捕捞的单位和个人销售的注释所列的自产农业产品。对农民专业合作社销售的外购的农业产品，以及外购农业产品生产、加工后销售的仍然属于注释所列的农业产品，不属于免税的范围，应当按照规定税率征收增值税。
二、营业税
1、《中华人民共和国营业税暂行条例》第六条规定，农业机耕、排灌、病虫害防治、植保、农牧保险以及相关技术培训业务，家禽、水生动物的配种和疾病防治项目免征营业税。
2、国家税务总局《关于林木销售和管护征收流转税问题的通知》(国税函[2008]212号)规定，纳税人单独提供林木管护劳务行为的收入中，属于提供农业机耕、排灌、病虫害防治、植保劳务取得的收入，免征营业税。
3、财政部、国家税务总局《关于对若干项目免征营业税的通知》(财税字[1994]2号)规定，将土地使用权转让给农业生产者用于农业生产，免征营业税。《农民专业合作社法》第五十二条规定：农民专业合作社享受国家规定的对农业生产、加工、流通、服务和其他涉农经济活动相应的税收优惠。换言之，对农民专业合作社从事上述劳务取得的收入，免征营业税。
三、企业所得税。《中华人民共和国企业所得税法》(以下简称《企业所得税法》)第二十七条规定，从事农、林、牧、渔业项目的所得可以免征、减征企业所得税。企业所得税法实施条例则进一步明确了减免企业所得税的项目，包括：
1、企业从事蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植，农作物新品种的选育，中药材的种植，林木的培育和种植，牲畜、家禽的饲养，林产品的采集，灌溉、农产品初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目，远洋捕捞项目的所得，免征企业所得税。
2、企业从事花卉、茶以及其他饮料作物和香料作物的种植，海水养殖、内陆养殖项目的所得，减半征收企业所得税。