农民专业合作社要到主管国税机关办理税务登记、接受税务管理，领取普通发票，对外开具加盖了”农产品销售专用章”发票．从2009年起，农民专业合作社也可以申请认定增值税一般纳税人，开具增值税专用发票。
农民专业合作社税收优惠政策整理:
1、农民专业合作社取得的涉农财政性资金，暂不计入收入总额计算应纳税所得额。
2、农民专业合作社取得的捐赠收入，暂不计入收入总额计算应纳税所得额。
3、农民专业合作社对农村交通等公共设施建设的支出，列入农民专业合作社的固定资产，分期折旧在税前予以扣除。
4、经营采摘、观光农业的农民专业合作社，从事农、林、牧、渔业项目的所得，按《中华人民共和国企业所得税法》第二十七条规定减免企业所得税。
5、农民从农民专业合作社取得的盈余返还，为农民销售自产农产品所得，免征个人所得税。
6、农民专业合作社用于临时性生产用房的城镇土地使用税和房产税，纳税确有困难的，可申请困难性减免。
以上所称农民专业合作社，是指依照《中华人民共和国农民专业合作社法》规定设立和登记的农民专业合作社，上述规定自2008年1月1日起执行。(苏地税函[2009]11号)
7、自2008年1月1日起，农民个人实际出资(入股)的农民合作组织，其建造的“打工楼”出租收入，按照苏政办发[2006]136号文件规定的综合税率5%征收相关税收。(苏地税函[2009]11号)
8、自2008年7月1日起，对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税。(财税[2008]81号)
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