司马睿刚刚登基那会，与王氏一族还有共同的利益，一个为了巩固皇位，一个为了通过拥立之功扩大自己的势力。所以司马睿与王氏的王导关系很是和睦，把他比作“萧何”，称王导为“仲父”。王导对司马睿的礼遇厚待也是投桃报李，对司马睿出谋划策，劝谏他勤政克己，要行仁政于南方，收取民心。
不过这场君臣之间的谦恭相敬随着王氏家族的权势扩张达到巅峰而急转直下。王氏一族凭借着拥立新帝的首功，攫取了大量的利益，王导在东晋朝廷内出任丞相的高位掌控中枢，王敦手握兵权在长江上游征讨不臣，镇压长江中游一带。东晋朝堂和地方官员超过一半与王氏有着直接或间接的关系。在南北朝这一时期，王氏光是皇后就有八位，可见其势力之盛。
朝政大权尽皆掌于王氏之手，这当然会使司马睿这个东晋王朝真正的最高统治者产生不满和忌惮，大权旁落对于皇帝来说就和一般人“生死操于他人之手”一样感到不安恐惧。所以司马睿意图在朝堂之上培养心腹大臣对抗王氏专权，他重用刘隗、戴渊等敢于和王氏抗争的大臣。司马睿对于王氏家族的压制引起了王氏的警惕和反弹。公元322年，手握大军的王敦于武昌举兵从长江顺流而下直击建康，以“诛杀奸佞”的名义杀了戴渊等司马睿在朝中的左膀右臂。再加上王导在内里应外合，王敦很快就控制了局势，司马睿惨败只能低头做小。王敦给自己封官进爵，总揽朝政。4月，王敦班师回武昌，于武昌遥控国家政事。司马睿这个皇帝政令不出皇宫，完全成了“囚徒”皇帝。
晋元帝司马睿字景文，是司马懿的曾孙，也是晋武帝司马炎的侄子，他是东晋的开国皇帝。在290年的时候司马睿袭封琅邪王，他曾经参与过讨伐成都王司马颖的战事，失败之后，司马睿就离开了洛阳，回到了封国。
太熙元年也就是290年的时候，晋武帝司马炎驾崩，太子司马衷即位，但是司马衷愚笨无比，根本驾驭不了政局，因此为了争夺最高的权利政治内部便展开了残酷的厮杀。当时的环境动荡险恶，司马睿虽为琅琊王，却并无兵权，为了避免引来杀身之祸，司马睿便选择了退让的方式，以保自己不会被卷入斗争的漩涡之中。
在八王之乱以后，司马睿依附于东海王司马越，在汉主刘渊举兵造反之后，中原的局势开始恶化，司马睿听从了王导的建议，镇守建邺，并在王导等人的辅助下，以礼相待当地的土族，平叛叛乱，在江南得以立足。在316年的时候，晋愍帝司马邺被刘聪/">刘聪杀死，西晋灭亡。到第二年的三月，司马睿便即位为帝，此时东晋王朝正式建立。
司马睿在中国的封建王朝当中是具有最少权威的一位开国皇帝，他之所以可以称帝，凭借的不是自己的本事，只是因为当时的西晋王室已经成为汉族政权的象征。司马睿在建立东晋王朝的过程中，他的所有政治活动都有王氏家族有着很大的关系。司马睿后来想要摆脱扶植者的控制，但是最终没有获得成功，还导致了王敦之乱。永昌元年十一月，司马睿由于心力交瘁，在宫中病死，享年47岁。
