晋元帝司马睿依靠门阀世家王氏坐稳了皇位，这也为大权旁落埋下了隐患。司马睿为了拉拢王氏家族，对其家族成员不断封以高官厚禄，而且进行联姻迎娶王氏女子为后。这使得本来就在江南权势显赫的王氏更是如日中天，世人只知王而不知马。
司马睿为了压制日益庞大的王氏家族，在朝中培养心腹想要消除王氏的势力。结果使得王氏的王敦举兵报复，诛杀其心腹，将司马睿彻底架空，令皇帝诏书不出宫门。司马睿晚年就像是被囚禁于皇宫的囚徒一样，朝政大权被王敦一手把持。那么司马睿是怎样被架空朝政的，他又是怎么死的?
司马睿晚年如囚徒
司马睿刚刚登基那会，与王氏一族还有共同的利益，一个为了巩固皇位，一个为了通过拥立之功扩大自己的势力。所以司马睿与王氏的王导关系很是和睦，把他比作“萧何”，称王导为“仲父”。王导对司马睿的礼遇厚待也是投桃报李，对司马睿出谋划策，劝谏他勤政克己，要行仁政于南方，收取民心。
不过这场君臣之间的谦恭相敬随着王氏家族的权势扩张达到巅峰而急转直下。王氏一族凭借着拥立新帝的首功，攫取了大量的利益，王导在东晋朝廷内出任丞相的高位掌控中枢，王敦手握兵权在长江上游征讨不臣，镇压长江中游一带。东晋朝堂和地方官员超过一半与王氏有着直接或间接的关系。在南北朝这一时期，王氏光是皇后就有八位，可见其势力之盛。
朝政大权尽皆掌于王氏之手，这当然会使司马睿这个东晋王朝真正的最高统治者产生不满和忌惮，大权旁落对于皇帝来说就和一般人“生死操于他人之手”一样感到不安恐惧。所以司马睿意图在朝堂之上培养心腹大臣对抗王氏专权，他重用刘隗、戴渊等敢于和王氏抗争的大臣。
司马睿对于王氏家族的压制引起了王氏的警惕和反弹。公元322年，手握大军的王敦于武昌举兵从长江顺流而下直击建康，以“诛杀奸佞”的名义杀了戴渊等司马睿在朝中的左膀右臂。再加上王导在内里应外合，王敦很快就控制了局势，司马睿惨败只能低头做小。王敦给自己封官进爵，总揽朝政。4月，王敦班师回武昌，于武昌遥控国家政事。司马睿这个皇帝政令不出皇宫，完全成了“囚徒”皇帝。
司马睿怎么死的
司马睿重振皇权惨败，而王氏的势力却更加的强大，朝野内外只知“王”不知“马”，自己这个皇帝相当于被软禁在皇宫的“囚徒”，名为天子却政令不行，于是司马睿越想越是激愤生气，终于气大伤身卧病于床。
司马睿病倒后，还不忘为太子司马绍铺路，他任命忠君的荀组为太尉，想要以其辅佐太子，使得司马家的皇权在司马绍称帝后有望夺回。不曾想荀组刚刚受命没过多久就病逝了，司马睿因此更加的忧虑惶恐，导致病情恶化。公元323年，晋元帝司马睿积怒病逝。因为皇权旁落而被活活气死。
司马睿可谓是成也王氏败也王氏，他依靠王氏坐稳皇帝的宝座，却也使得王氏依靠皇权势力扩张膨胀不可制。最终朝中大权被王氏家族掌控，司马睿忧愤而死。
公元323年1月3日(永昌元年闰十一月初十日)，晋元帝忧愤病逝。终年47岁，在位6年。谥号元皇帝，庙号中宗，葬于建平陵(江苏江宁)。
遗诏由太子司马绍继位。
晋元帝司马睿(276年-323年)，字景文，东晋的开国皇帝(318年-323年在位)。晋宣帝司马懿的曾孙，琅邪武王司马伷之孙，琅邪恭王司马觐之子，晋武帝司马炎从子。
司马睿于公元276年(咸宁二年)生于洛阳，290年(太熙元年)袭封琅邪王，曾经参与讨伐成都王司马颖的战役;但是由于作战失利，司马睿便离开洛阳，回到封国。晋怀帝即位后，司马睿被封为安东将军、都督扬州诸军事。后来在王导的建议之下前往建康，并且极力结交江东大族。313年(永嘉七年)晋愍帝封司马睿为丞相、大都督中外军事。晋愍帝被俘后，司马睿在晋朝贵族与江东大族的支持下于317年(建兴五年)称晋王，建元建武，318年(太兴元年)即帝位，为晋元帝。323年(永昌元年)去世，时年四十七岁，谥号元皇帝，庙号中宗。
"牛继马后"之说称司马睿是牛金之子。