不会拒签的，在留资格其实就是已经批准入境日本。为了提高签发效率，日本使领馆简化了签发手续，并且规定：除外交签证外，其余签证均由日本驻华使领馆指定的代办机构代理，旅游签证由指定旅行社代理，不接受个人申请。所以在申请日本签证时，申请人须先电话咨询代办机构或旅行社，了解需要准备的具体资料并送交代办机构即可，无须亲自去使领馆排队申请。
1、如果各种签证资料齐全，有足够的资金担保，且签证城市是日本的高通过率的城市，比如福冈，那么基本不会被拒签。
2、如果资料不全，资金不足或没有，或者是去日本的低通过率的地区，比如东京，那么背拒签的可能性是很大的。在留资格认定书的定义：办理留学赴日签证，首先在学校同意接收你之后，需要准备一整套完整的材料，递交到日本的入管局，申请“在留资格认定证明书”，俗称“反签证”。反签证通常由所报读的学校代为申请。在留资格认定证明书自签发之日起有效期为3个月。签证申请人须在该证明书有效期内在所属日本驻华使领馆申办签证，并入境日本，逾期自动作废。申请需要通过本馆所指定的代办机构办理。
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