努尔哈赤与舒尔哈齐是一母同胞的亲兄弟，二人之间的关系比同父异母的穆尔哈齐、巴雅喇还要近一些。或许正是因为这个原因，努尔哈赤起家之初，舒尔哈齐便一直跟随其左右，成为了努尔哈赤的左膀右臂。起初，二人的关系是相对平等的，并没有谁从属于谁。自被俘后跟随李成梁起，兄弟二人一起打天下、一起坐天下！一度兄弟二人层并排坐着接受使者的拜见。可以说，这段时期是兄弟二人的“蜜月期”。
随着统一女真的步伐不断前行，兄弟二人的矛盾也慢慢出现了。毕竟地盘大了、军队多了，总归得有一个领头的，正所谓一山不容二虎，渐渐地努尔哈赤成为了主角，而舒尔哈齐却沦为了配角。可是，舒尔哈齐与努尔哈赤有太多的相似之处了，他根本不是甘心屈于人下之人，亲哥哥也一样！于是，兄弟二人开始渐行渐远。但是，总体上还保持着和睦相处，并没有彻底撕破脸。
而努尔哈赤、舒尔哈齐兄弟的矛盾也被明廷看在了眼里，开始耍一些小手段拉拢舒尔哈齐，企图离间兄弟二人。尤其是李成梁二次督辽之后，为了分化努尔哈赤、舒尔哈齐兄弟更是无所不用其极，甚至让自己的儿子李如柏纳了舒尔哈齐的女儿为妾，与舒尔哈齐结成了儿女亲家。同时，暗地里鼓动舒尔哈齐自立门户、树立自己的权威，以抗衡努尔哈赤。这个时候，舒尔哈齐心动了，开始积极向明廷靠拢、向李成梁靠拢，而这一切也被努尔哈赤看在了眼里。
最终，努尔哈赤决定要削弱舒尔哈齐的势力。但是，这一次努尔哈赤并没有反应过激，仅仅是利用舒尔哈齐的左膀右臂常书和纳齐布作文章，以“临阵脱逃”为由要诛杀二人。因为舒尔哈齐反应强烈，最终努尔哈赤并没有杀掉二人，但却借着这件事夺取了纳齐布麾下的军队，并且把舒尔哈齐踢出了最高决策层。
被踢出最高决策层之后，舒尔哈齐由“二把手”突然变成了闲人，心中自然是十分不爽的。在两个儿子阿尔通阿和扎萨克图的撺掇下，舒尔哈齐最终迈出了自立门户的一步，正式与胞兄努尔哈赤分道扬镳。李成梁见机会来了，立马火上浇油，上书明廷，为舒尔哈齐要来了建州右卫都指挥使的职务，而这是明廷在辽东地区名义上的“最高军事长官”，舒尔哈齐已然在名义上取代努尔哈赤之上了！
面对这样的情况，努尔哈赤采取了两手准备，一面派人劝说舒尔哈齐回归，一面整军备战。在劝说无果之后果断出兵，大败舒尔哈齐并诛杀了舒尔哈齐的两个儿子阿尔通阿和扎萨克图。如果不是皇太极等人求情，连阿敏很可能都难逃一劫！兵败如山倒的舒尔哈齐最终失去了与胞兄继续抗争的胆气，向努尔哈赤“投降”，重新回到了胞兄帐下。但是，这一次努尔哈赤对舒尔哈齐没有先前那么“客气”了，把舒尔哈齐幽禁在暗室之中，并且将锁焊死，只留两个洞送食物。仅仅一年多两年的样子，舒尔哈齐便在幽禁中去世了，年仅四十七岁。
现在有不少人说是努尔哈赤派人杀死了幽禁中的舒尔哈齐。但是，现存史料中缺乏实质性证据，而且个人也不认同。如果努尔哈赤有心杀了舒尔哈齐，“反叛”“谋逆”，随便找个理由都可以名正言顺要了舒尔哈齐的性命，努尔哈赤根本不需要遮遮掩掩！但是，努尔哈赤并没有！可见，他并不想置这位胞弟于死地。要知道，努尔哈赤可是连亲儿子都照杀不误的主儿！他如果铁了心杀舒尔哈齐，明着来就是了，何必玩这么一出？
其次，在舒尔哈齐被幽禁之后，努尔哈赤转头又把舒尔哈齐的财产和部分军队交给了他儿子阿敏。可见，这个时候努尔哈赤的怒火已经消去了不少，起初他可是想杀了阿敏的！如果努尔哈赤想对舒尔哈齐赶尽杀绝，即便不杀光他的儿子，应该也不至于把舒尔哈齐的股权转给阿敏，顺势收编了舒尔哈齐的一切才是最干净利落的解决方式，不是吗？
其三，后来皇太极幽禁阿敏的流程和当初他父亲幽禁三叔几乎如出一辙，但是，阿敏最后也没有被皇太极处决，而是幽禁终老。可见，清初是有这个传统的，努尔哈赤应该也是如此。当然，这仅仅是一家之言，毕竟过去几百年了，历史真相恐怕只有舒尔哈齐自己知道了……
