枸杞病害主要有炭疽病、灰斑病、根腐病和早疫病。
（1）枸杞炭疽病（黑果病）
主要为害花、花蕾、青果以及嫩枝等。青果被感染后出现多数黑点，逐渐扩大为不规则的圆斑，近而使半个或整个果实变黑色。气候干燥时，果实缢缩；天气潮湿时，黑果表面长出无数黏滴状橘红色小点，即病原菌的分生孢子盘和分生孢子，枸杞炭疽病始发期为5月中旬至6月上旬，暴发期为7～8月；以分生孢子和菌丝体在病果枝条、病株残体上越冬。病原菌可从伤口侵入。侵入后在22～29℃和保湿条件下，潜育期为87～94小时。枸杞树上残留的病果，翌春遇雨，温湿度适宜，便可产生大量分生孢子，借雨水传播到健果上。受害果变黑，黑果上的分生孢子借风雨、昆虫和人工采果作业进行传播。反复进行再侵染，使病情扩展。
（2）枸杞灰斑病
主要为害叶片。在叶片上的病斑呈圆形或近圆形，中心部灰白色，边缘褐色，在叶背面多生有淡黑色霉状物，即病原菌的子实体。每年的7～8月是灰斑病的发病盛期，在高温多湿情况下发病严重。该病以分生孢子和菌丝体在枯枝落叶上，病果中及土壤缝隙中越冬。来年雨季后，病原菌遇适宜温、湿度条件即开始扩展传播，再次侵染。
（3）枸杞根腐病
病初根部发黑，逐渐腐烂，后期外皮脱落，只剩下木质部，最后导致全株枯萎死亡，本病6月中旬发生，7～8月最严重，根腐病菌菌丝体在土壤中或依附于病残组织越冬，成为翌年的侵染来源。病苗借助于伤口侵入根部，也可直接侵入健康根系。天气时晴、时雨、高温，高湿以及植株生长不良都有利本病发生。
（4）枸杞早疫病
主要为害叶片和果实。叶片上病斑近圆形，淡褐色微具轮纹状，上生淡黑色霉状物，即病原菌的子实体；果实病初期为淡褐色，微具软纹状，后期果实变黑褐色，上生淡黑色霉状物，即为病原菌的子实体。侵染重者叶片枯死。
防治措施
在枸杞园行间进行秋翻地，实施检疫，严禁使用有病种苗，秋后清洁田园，及时剪去病果，病枝及病叶，集中深埋或烧毁，减少越冬菌源，加强肥水管理，提高植株的抗病能力，减轻病害发生程度，发病前喷75%的代森锰锌600倍液，每周一次，连续3～4次；雨季前，喷洒1∶1∶120波尔多液，每10～15天一次，连续2～3次，也可用多抗霉素150～200单位，或百菌清1500毫克/升进行防治。