我现在08年在学校被确定是预备党员，但是由于毕业后工作的关系一直没时间递交转正申请，按规定两年之后预备党员资格就被自动取消了。我想问的是这种情况在档案上会不会存在污点呢？以后还可以重新申请入党吗？
没什么大的影响。今后转正以后，党龄是按照成为预备党员开始算的。你的情况属于比较特殊的情况，尽量在学校里转正，实在不行，到单位以后（如果有党组织）很快就会完成的。
不过你这个情况建议你向党支部书记沟通一下，看能否请党组织出面和那位老师沟通一下。不给签字，总要讲个过得去的理由。当然，如果题主确实有什么比较大的不足，而不仅仅是因为和老师关系的问题，那另当别论。
预备党员未能按期转正，并不都是犯了错误，延期转正并不是处分。当然延期转正会写入入党志愿书，很多基层对此并不严格，试试看。