1998年，昆明新机场建设项目前期工作自启动。
2007年1月29日，国务院和中央军委批准立项昆明长水国际机场建设项目，12月11日正式奠基。10月，中国民用航空局批复昆明新机场选址方案。11月15日，国土资源部批复建设用地预审。
2008年8月26日，国家发改委批复昆明新机场可行性研究报告。12月5日，中国民航局、云南省政府联合批复昆明新机场总体规划，昆明长水国际机场正式开工建设。
2009年02月24日，中国民航局、云南省政府联合批复昆明新机场建设项目机场工程初步设计及概算。09月13日，昆明新机场代表性建筑“七彩钢带”合龙。12月01日，航站楼组合体混凝土结构工程完成。
2010年06月5日，昆明长水国际机场航站楼主体工程正式封顶。
2011年5月1日，国家民航总局正式批复定名昆明新机场为昆明长水国际机场。9月25日，昆明长水国际机场开展首次运行模拟演练。
2012年2月，昆明新机场项目主体工程建设收官，进入校飞试飞阶段。3月28日，完成昼间科目试飞。4月21日，第二次转场演练顺利完成。5月4日，空客A330-300型飞机顺利完成机场第二次试飞。6月28日，昆明机场由巫家坝国际机场整体搬迁至长水国际机场运营。
2013年旅客吞吐量2969万人次，在全国机场旅客吞吐量中排名第7，在世界机场旅客吞吐量排名中，位列第55位。昆明机场日旅客吞吐量最高峰值为12.15万人次。
2014年12月4日，昆明新机场建设工程荣获中国土木工程建设领域最高奖——詹天佑奖。12月18日，昆明机场第一条洲际航线，昆明至巴黎航线将正式启航。12月26日，昆明新机场建设工程荣获“国家优质工程金质奖”。12月30日，昆明新机场航站楼工程荣获“中国建设工程鲁班奖”。2014年，昆明机场日航班起降架次最高峰值为840架次。
2015年4月，机场22号跑道二类盲降设备已正式启用。11月，昆明长水国际机场获得国家质检总局近日正式批复，成为我国进境水果指定口岸。
