有机肥和生物菌肥是2种完全不同的“肥料”。
有机肥主要在于通过有机质来改善土壤质地，也具有一定肥力。而生物菌肥关键是“菌”。下面明确说明两者的区别。
有机肥
专指以各种动物废弃物（包括动物粪便；动物加工废弃物）和植物残体（饼肥类；作物秸秆；落叶；枯枝；草炭等）为原材料，采用物理、化学、生物或三者兼有的处理技术，经过一定的加工工艺（包括但不限于堆制；高温；厌氧等），消除其中的有害物质（病原菌、病虫卵害、杂草种籽等）达到无害化标准而形成的，符合国家相关标准（NY 525-2012）及法规的一类肥料。
有机肥经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工之后，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。
生物菌肥
生物菌肥是近几年出现的一种新型的生物“肥料”，虽然叫做菌肥，但是其本质不是肥，只是通过一些工厂的手段培养的一些在土壤中有利于土壤和作物的有益菌类。
分类
有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；
分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；
分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；
促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；
抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。
优势
三种以上多种复合菌相互促进、相互补充，抗土传病害效果远远大于单一菌种。有益菌群相互协同，共同作用，能使作物达到高产丰产的效果。
提高作物产量
改善作物品质
增强作物抗逆性
提高化肥利用率
改善土壤环境
有机肥和菌肥都是作物施入底肥时经常用到的肥料，很多种植户虽然每年都会使用有机肥和菌肥，但是还是搞不清这两者有什么区别，该如何正确使用。
有机肥和菌肥其实是两个完全不同的肥料品种，这需要从构成土壤的三大元素说起——土壤由矿物质、有机质和微生物构成，其中矿物质指的是氮磷钾钙镁锌等大中微量元素，是直接作用于作物生长的营养元素，而有机质则是指黄腐酸等一类物质，其主要作用是改善土壤，同时提供长效的肥力，也就是我们日常使用的“有机肥”；而微生物就是突然中活的物质，他们既能促进作物健康生长，也可能造成和传播某些病害，所以分为有益菌和有害菌，我们用的菌肥当中，就充斥着大量的有益菌，以此来调节土壤活性，抑制有害菌的生长。
目前，种植户比较常用的有机肥有粪肥、堆肥、饼肥、绿肥等，其特点是营养全面、肥效期长，能够提升土壤肥力、改善土壤质量，随着肥料产业的不断发展，成品有机肥也成为了很多种植户的选择。
菌肥方面，微生物菌剂、有机菌肥、微生物菌肥等都是比较常见的，比如绿之洲根颂微生物菌剂就是很多农户选择和信赖的产品，其主要特点就是提升土壤活性，抑制有害菌生长、减少土传病害的发生。
微生物菌肥和有机肥可以说是两种完全不同的肥料，它们两者的主要区别在于：
作用不同：有机肥主要是为土壤补充肥力，为作物提供长期的养分供给；而微生物菌剂则不含营养成分，它的主要作用是转化和释放土壤中的营养成分、改善土壤质量、减少有害菌的生长、避免土传病害的发生；
用途不同：有机肥主要是在施入基肥时使用，后期追肥使用较少，而菌肥的使用场景比较多，蘸根、拌种、基肥、追肥等都能用到微生物菌剂。
注意事项不同：有机肥在使用前需要充分腐熟，当然成品有机肥没有这个担忧，而微生物菌剂、菌肥的使用则要注意光照、温度，不能暴露在阳光下，否则会杀死菌肥中的有效成分，降低肥料的使用效果。
本回答被网友采纳1、生物有机肥价格便宜，每吨在1000多元左右；生物菌肥价格昂贵，每吨上万元。
2、生物有机肥含有功能菌和有机质，能改良土壤促进被土壤固定养分的释放；生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来促进土壤固定肥料的利用。
3、生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合有些土壤环境。
有机肥
广义上的有机肥俗称农家肥，包括以各种动物、植物残体或代谢物组成，如人畜粪便、秸秆、动物残体、屠宰场废弃物等。
有机肥主要来源于植物和动物，施用于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料，经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而成，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括多种有机酸、肽类以及包含氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。
生物菌肥
生物菌肥是在有机肥料中加入有益生物菌群，起到固氮，降解土壤中的有机养分，抑制土传病害和改良土壤的作用。肥料中的菌是施到土壤中再发挥作用的。生物菌肥只含有功能菌，通过功能菌来提高土壤固定肥料的利用。生物有机肥的有机质本身就是功能菌生活的环境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不适合某些土壤环境。
生物菌肥是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。国内外多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且具有化肥达不到的效果。微生物肥料是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成，只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。
但生物菌肥的价格很高，没有几个农户会选择它，一般在农村，农民都是选择化肥，连有机肥都不是第一选择的。所以希望农科研究所可以把成本降低，这样农民也可以选择生物菌肥减少对土地的污染了，还可以增加产量。
本回答被网友采纳生物菌肥(微生物肥料)是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。其在我国已有近50年的历史，从根瘤菌剂——细菌肥料——微生物菌肥，从名称上的演变已说明我国微生物肥料逐步发展的过程。 国内外多年试验证明，用根瘤菌接种大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，确实有增产效果，合理应用其它菌肥拌种或施用微生物肥料，对非豆科农作物也有增产效果，而且有化肥达不到的效果。因此，我们认为它是肥料，又与传统化肥和石家庄有机肥在概念和内涵上不同。微生物肥料是活体肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活动来完成。只有当这些有益微生物的生命活动来完成。只有当这些有益微生物处于旺盛的繁殖和新陈代谢的情况下，物质转化和有益代谢产物才能不断形成。因此，微生物肥料中有益微生物的种类、生命活动是否旺盛是其有效性的基础，而不像其它肥料是以氮、磷、钾等主要元素的形式和多少为基础。正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、强度及周围环境条件密切相关，包括温度、水分、酸碱度、营养条件及原生活在土壤中土著微生物排斥作用都有一定影响，因此在应用时要加以注意。
以优质有机肥为原料，添加大量具有固氮、解磷、解钾功能的有益微生物。富含农作物生长所需的氮、磷、钾、氨基酸等营养元素及中微量元素、土壤活化剂、植物根系生长素等；具有促进根系发育和植株生长，提高植株抗病、抗逆性，提高果实品质和产量等特点。
有益微生物可在作物根系形成优势的有益菌群，能抑制有害病原菌繁殖，增强作物抗逆抗病能力，减轻作物因连作造成的病害，降低发病率；同时增强作物对不良环境的综合防御能力。含有的硫、镁、钙、硅、锰、锌、铁、硼、钼等多种植物生长所需的微量元素和氮磷钾及氨基酸等营养元素，可改善作物农艺性状，使作物植株健壮、叶色浓绿、开花提前；提高作物品质，坐果率高，果实饱满、无畸形、色泽鲜艳、口感好、商品性高，提早上市时间。有效活菌数≥0.2亿/克，有机质≥40%
2、精制有机肥
由优质畜禽粪便经添加微生物沃宝发酵剂高温发酵生产而成。无害化程度高，产品中含N、P、K和中微量元素等有机营养,养分均衡；含有的有机质、腐植酸等可改善土壤理化性质,提高土壤保肥、保水能力。产品中有机质达30%以上，氮磷钾总养分含量在5%以上。
本品添加的微生物发酵剂，在快速生长代谢过程中产生的高温，可有效杀灭有机肥粪便中的病毒、病菌、虫卵等有害物质，分解有机肥中的纤维素、半纤维素、木质素，并将大分子有机物分解为有利于作物吸收利用的小分子速效养分，发酵后大量的有益微生物可改善土壤中微生物环境,提高土壤活性,活化土壤养分,促进作物生长,增强作物抗病、抗寒、抗逆性,有效抑制土壤中有害病菌的繁殖和滋生, 产生的多种氨基酸能提高作物抗病能力，促进作物的生长，提高作物品质和产量。含量：N+P+K≥5% 有机质≥45% 水分≦30%，PH:5.5-8.5
3、生物菌肥
在生物有机肥中再次添加具有防病防虫功能的微生物沃宝防土传菌剂和具有提高肥料利用率的沃宝功能性生物菌种制成的生物菌肥。微生物菌种数量达到十多种，形成了强大的复合微生物菌团，且该肥富含作物所需的氮磷钾、氨基酸等多种营养元素及钙、镁、铁、硼等多种中微量元素。
所含多种功能性微生物，其中的固氮菌、解磷解钾菌可激活土壤中的氮磷钾等养分，使作物充分吸收利用，提高肥料利用率，降低化肥使用量；所含的防虫、防病微生物菌剂能有效抑制土壤线虫、土壤真菌病害和地下害虫等病害的发生；富含的特殊菌群对作物的重茬现象有很好的调节作用。该肥料中有益微生物的活动，提高了土壤活性，改善土壤微生物群系，改良了土壤环境，减少病虫害侵染源，遏制病虫害的发生。对地下害虫和土传病害有较好的防治效果。能增加作物的抗病、抗逆能力，显著提高作物品质和产量。主要指标：有效活菌数≥1亿/克 有机质≥40％
4、主要区别在于有机肥添加菌的菌的含量，目前常见的有机肥添加菌有沃宝功能性菌剂和沃宝防土传病害菌。沃宝功能性菌：采用多种具有固氮、解磷、解钾功能的微生物菌种，经科学配方及最新生产工艺复合而成。沃宝防土传菌：可抑制土壤中有害微生物的放线菌，以及可寄生在土壤中根结线虫、胞囊线虫的真菌等有益微生物。
5、希望能帮的上你本回答被网友采纳