一、养分不同
复合肥料的养分比例总是固定的，而不同土壤、不同作物所需的营养元素种类、数量和比例是多样的。因此，使用前要先进行测土；而有机肥料不仅能为农作物提供全面营养，而且肥效长，可增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，改善土壤的理化性质和生物活性，是绿色食品生产的主要养分。
二、来源不同
有机肥料主要来源于植物和（或）动物，施于土壤以提供植物营养为其主要功能的含碳物料。经生物物质、动植物废弃物、植物残体加工而来，消除了其中的有毒有害物质，富含大量有益物质，包括：多种有机酸、肽类以及包括氮、磷、钾在内的丰富的营养元素。
复合肥料是指含有两种或两种以上营养元素的化肥，复合肥具有养分含量高、副成分少且物理性状好等优点，对于平衡施肥，提高肥料利用率，促进作物的高产稳产有着十分重要的作用。
扩展资料：
有机肥使用注意事项
首先，生物有机肥施入土层不易过深。因为生物有机肥是依靠其活性来分解有机质的，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。而施入太深会影响生物肥活性。因此，生物有机肥以施在地表下10 到15厘米处为宜。
生物有机肥施用时也不宜与单一化肥混施。 单一化肥因其成分单一，且酸碱程度不同，如果大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因此，生物有机肥最好单独施用。
生物有机肥与农家肥(生鸡粪)、磷酸二铵复合肥配比要合理 给瓜果施肥的原则施生物肥要优质，有机肥要腐熟，化肥要元素全(根据瓜果种类不同合理配比)。
在施用时应注意，生鸡粪盐过多，磷酸二铵磷过多(18个氮、 46个磷)，复合肥氮、磷、钾配比为15：15：15或16：16：16或17：17:17，如果选用时，一定要先计算，再配比，后施用。
参考资料来源：百度百科-有机肥
参考资料来源：百度百科-复合肥
有机肥，就是含有动物蛋白，氨基酸等有机物质的肥料。
复合肥就是含有两种以上的氮磷钾的肥料，不含有有机质的化学肥料，通常称为无机肥。
有机肥是有机肥，复合肥是复合肥，把两者混合使用则是有机复合肥。
复合肥广义的讲就是把不同的无机盐混合或无机盐和有机物混合形成的肥料。不同的厂家，不同的产品中成分的配比不同。