属于薄壁菌门和厚壁菌门的20余属。其中最重要的是土壤杆菌属（Agrobacterium）、布克氏菌属（Burkholderia）、欧文氏菌属（Erwinia）、假单胞菌属（Pseudomonas）、黄单胞菌属（Xanthomonas、劳尔氏菌属（Ralstonia）、棒形杆菌属（Clavibacter）等。致瘤土壤杆菌（Agrobacteriumtumefaciens）引起的根癌病，胡萝卜欧文氏菌（Erwiniacarotavora）引起的软腐病，丁香假单胞菌（Pseudomonassyringae）引起的斑点病，茄劳尔氏菌（alstoniasolanacearum）引起的青枯病，野油菜黄单胞菌（Xanthomonascampestris）引起的黑腐病，稻黄单胞菌水稻致病变种（Xanthomonasoryzaepv.）引起的稻白叶枯病等都是著名病害和重要防治对象。以拟南芥与丁香假单胞菌为模式系统，在分子水平上研究病原菌与植物互作，取得许多新发现。