（1）假单胞杆菌属（Pseudomonas）
菌体杆状，有1根或几根极鞭，革兰氏染色反应阴性，严格好气性，氧化酶反应一般为阳性。培养基上形成的菌落灰白色，有的能产生荧光性色素。DNA中G+C含量为58%～70%。病害症状主要是叶斑、叶枯和萎蔫。重要的病原菌有青枯假单胞杆菌（P.solanaearum）等。
（2）黄单胞杆菌属（Xanthomonas）
菌体杆状，有1根极鞭，革兰氏染色反应阴性，严格好气性，氧化酶反应弱或阴性。培养基上形成黄色菌落。DNA中G+C含量为63.5%～69.2%。主要引起植物的叶斑和叶枯，少数引起萎蔫，如稻白叶祜黄单胞杆菌（X.compestrispv.orzae）、棉花角斑黄单胞杆菌（X.campestrispv.malvaccearum）、甘蓝黑腐黄单胞杆菌（X.ampestrispv.campestris）等。
（3）野杆菌属Agrobateriem）
菌体杆状，有1～4根周鞭，革兰氏染色反应阴性，严格好气性，氧化酶反应阴性。在培养基上形成黏性的白色菌落。DNA中G+C含量为59.6%～62.8%。常引起木本植物的瘤肿和发根等畸形症状，如癌肿野杆菌（A.tumefaciens）。
（4）欧氏杆菌属Erwinia）
菌体杆状，周生多根鞭毛，革兰氏染色反应阴性，多为兼性厌气性，氧化酶反应阴性。培养基上形成的菌落为白色。DNA中G+C含量为50%～58%。为害植物多数引起软腐，少数引起枯死和萎蔫。重要的病原菌有稻基腐欧氏杆菌（Erwiniachrysanthemipv.zeae）、胡萝卜软腐欧氏杆菌（Efwiniacartovorasubsp.carotovora）等。
（5）节杆菌属Arthrobacter
由Conn etDimmick于1947年建立。此属主要特征是在复合培养基上有明显的杆状—球形生长循环，一般2～7d的培养物全部是球形细胞，将这种球形细胞转移至新鲜的复合培养基，菌体形成不规则杆状。细胞大小变化较大，一般直径为0.6～1.2μm，杆状和球形细胞均为革兰氏阳性反应，但较易褪色，不抗酸，不形成内生孢子，杆状细菌不运动或偶有运动。绝对好气，适宜生长温度25～30℃。节杆菌属成员的主要习居场所为土壤、污水等。美国冬青节杆菌（A.lkes）是唯一的植物病原菌。
（6）棒形杆菌属（Clvaibact）
革兰氏阳性短杆菌，大小为0.4～0.75μm.8～2.5pm，菌体多形态，直或微弯杆状，也可见到楔形或球形。细菌以单生为主，也常排列成V、Y和栅栏状，不抗酸，不形成内生孢子，不运动。此属最主要的特征是在大多数培养基上一般生长缓慢且弱。绝对好气，适宜生长温度为21～26℃。此属是1984年Davis等提出来专为容纳胞壁脯聚糖含2，4-二氨基丁酸（DAB）的7个植物病原棒形细菌的。在国内发现的有番茄细菌溃疡病棒形杆菌（Cl.michiganesesubsp.michiganense）和马铃薯环腐病棒形杆菌（Cl.m.subsp.sepedonicum）等。
（7）短小杆菌属（Curtobacterium）
革兰氏阳性短杆菌，细胞大小为0.4～0.6μm.6～3.0μm，不产生内生孢子。一般以侧生鞭毛运动，不抗酸，无异染粒。绝对好气。接触酶阳性。在NA培养基上生长良好（25～30℃），萎蔫短小杆菌（Cu.flaccumfacienn）是此属唯一的植物致病细菌。
（8）红球菌属（Rhodococcus）
此属细菌形态复杂，球形细胞可萌芽变成短杆状。杆状细胞的片段形成下一代的球形和短杆状细胞。不运动，不形成分生孢子或内生孢子。革兰氏阳性，过氧化氢酶阳性。此属只有带化红球菌（R.fazscians）是植物病原菌。
（二）植物菌原体
1967年，日本人土居养二等用电镜观察桑萎缩病、马铃薯丛枝病、泡桐丛枝病和翠菊黄化病的寄主韧皮部组织超薄切片时，发现有类似侵染动物和人类的菌原体（也称支原体）的一类生物，称之为类菌原体。此后，各国研究者发现，许多过去认为是病毒性的黄化、丛枝类病害实际上是由类菌原体引起的。
寄生植物的菌原体没有细胞壁，但包有具三层结构的细胞膜，最外层和最内层为类脂，中层为蛋白质。细胞质内有线状DNA分子、核糖体等物质。通过裂殖或芽殖进行繁殖。植物菌原体有两种类型：一类常为圆形、椭圆形或不规则形，称为类菌原体。大小一般为0.1～1μm，革兰氏染色反应阴性，迄今未能在人工培养基上培养。多数植物菌原体属于这一类型。另一类是螺旋形的，称为螺原体（spiroplasma）。长2.4μm，直径0.12μm，革兰氏染色阳性，可在含甾醇和牛血清的培养基上生长，形成荷包蛋状的小菌落。
植物菌原体属于柔膜体纲（Mollicutes）、菌原体目（Mycoplasmatales）。类菌原体与菌原体属（mycoplasma）有关，但由于其还不能人工培养，因而尚未获得确定的分类地位。