为达到污水中污染物质降解的目的，遴选、培养、组合针对污水特别降解能力的微生物菌形成菌群，成为专门的污水处理菌种，是目前污水处理技术中最先进的几种方式之一。
污水处理菌的分类
硝化细菌：硝化细菌 ( Nitrifying bacteria ) 是一种好氧性细菌，包括亚硝酸菌和硝酸菌。生活在有氧的水中或砂层中，在氮循环水质净化过程中扮演着很重要的角色。广泛存在大自然各个角落，空气、江河、大海、土壤都有，生物学中发现的硝化细菌有几千种之多。
反硝化细菌：反硝化细菌是一种能引起反硝化作用的细菌。多为异养、兼性厌氧细菌，如反硝化杆菌、斯氏杆菌、萤气极毛杆菌等。它们在氙气条件下，利用硝酸中的氧，氧化有机物质而获得自身生命活动所需的能量。反硝化细菌广泛分布于土壤、厩肥和污水中。可以将硝态氮转化为氮气而不是氨态氮，与硝化细菌作用不完全相反。主要应用于污水处理,如景观水治理,城市内河治理,水产养殖处理等,其中水产养殖污水处理应用最为广泛。