食品中微生物污染的途径概括起来可分为两大类：凡是动植物体在生活过程中，由于本身带有的微生物而造成的食品污染，称之内源性污染。食品原料在收获．加工．运输．贮藏．销售过程中使食品发生污染称为外源性污染。
（一）土壤
土壤中微生物的数量多达10000000一1000000000个/g．其中主要是细菌，其次是放线菌、毒菌．酵母．另外也可能有藻类和
原生动物。土壤中的微生物一方面可污染水源．空气及作为食品原料的动．植物表面或内部，同时土壤是一个开放的环境，也不断地遭受污染．
(（二）空气
空气中的微生物主要来自土壤．水．人和动植物体表的脱落物和
呼吸道．消化道的排泄物，空气中的微生物主要为霉菌．放线菌的孢子和细菌的芽孢及酵母；不同环境空气中微生物的数量和种类有很大差异；公共场所．街道、畜舍、屠宰场及通气不良处的空气中微生物数量较同：空气中的尘埃越多，所含微生物的数量也就越多!室内污染严重的空气微生物数量可达1000000个；海洋，高山等空气清新的地方微生物的数量较少：一般食品厂不宜建立在闹市区或远离交通主干线旁。
(三)水
海洋．
江河和湖泊中的微生物习分为两大类：一类是原本生活在水域中的微生物，如一些自养型微生物，另一类是腐生性微生物，它们是随土壤和污水及腐败的有机质进入水域的。微生物在水中的分布受水体类型、有机质含量．温度．
酸碱度．含盐量．
溶解氧．深浅度等诸多因素的影响。当水体受到土壤和人畜排泄物的污染后．会便肠道菌和病原菌的数量增加、在海洋中生活的微生物主要是细菌，它们具有嗜盐的特性，能够引起晦产动植物的腐败，有些菌种还可引起
食物中毒。矿泉水、深井水含菌很少。
食品加工中，水不仅是微生物的污染源，也是微生物污染食品的主要途径。如果使用了微生物污染严重的水作原辅料，则会埋下食品商败变质的隐患。在原料清洗中，特别是在畜禽屠宰加工中，即使是应用洁净自来水冲洗．如方法不当，自来水仍可能成为污染的媒介。 •
（四）人及动物携带
健康人体的皮肤．头发．口腔．消化道．呼吸道均带有许多微生物．由
病原微生物引起疾病的患着体内会有大量的病原微生物，它们可通过呼吸顶和消化道向体外排出；人体接触食品就可能造成微生物的污染．犬．猫：蟑螂、蝇等的体表及消化道也都带有大量的微生物．接触食品同样会造成微生物的污染。
（五）加工机械设备
各种加工机械设备本身没有微生物所需的营养物，当食品颗粒或汁液残留在其表面．使微生物得以在其上生长繁殖。这种设备在使用中会通过与食品的接触而污染食品。
（六）包装材料
各种包装材料，如果处理不当也会带有微生物．一次性包装材料比循环使用的微生物数量要少。塑料包装材料，由于带有电荷会吸附灰尘及微生物。
（七）原料及辅料
健康的动、植物原料表面及内部不可趱免地带有一定数量的微生物，如果在加工过程中处理不当。容易使食品变质，有些来自动物原料的食品还有引起疫病传播的可能。
辅料如各种佐料．淀粉．面粉．糖等，通常仅占食品总量的一小部分，但往往带有大量微生物。调料中含菌可高达10的8/g。佐料，淀粉．面粉．糖中都含有耐热菌；原辅料中的微生物一是来自于生活在原辅纠体表与体内的微生物，二是在原辅料的生长．收获、运输．贮藏．处理过程中的二次污染。