事业单位实行绩效工资制度就是像企业一样按照主要以工作绩效来评价个人的工作，以此作为工资收入的主要决定要素。因为原来我国的事业单位基本都是“铁饭碗”，实行的是跟公务员类似的“职级工资制度”，这种工资制度基本是以个人的职务等级为主要评价要素的，也就是说到了什么职务级别才能拿什么样的工资。这种工资制度下，基本工资较低，更多的是花样繁多的津贴和补贴，由于事业单位类型复杂、人员繁多，其人员成本支出已经占到财政支出的相当大的比重。要通过这次工资制度改革把原来的“死工资”变活，保证公平的基础上，引入“鲶鱼”效应。
事业单位实行工资制度改革是整个事业单位改革其中的一个环节。
首先，财政投入体制改革：通过事业单位的准确界定和分类，分别对待。原来实行的全额拨款、差额拨款和自收自支三种模式实际对应的是不同类型事业单位。有一部分事业单位实际在从事行政执行功能，它应该算作公务员或者参照公务员管理，基本上是行政机关的执行单位；有一批事业单位已经在市场经济中自主经营、自负盈亏，实际上是企业性质，根据市场经济的发展规则，它应该纳入到企业一类；真正的事业单位是从事公益性服务的单位，如卫生、教育等等。通过改革，只有真正的事业单位才能实行特定的财政投入模式。
其次，是事业单位人事制度的改革：变原来的“铁饭碗”为聘用制，通过评聘结合的办法实行人员的有序竞争上岗。
再次，就是工资制度的改革，变原来是职级工资制为绩效工资制，规范津贴补贴的同时实施绩效工资，逐步形成合理的绩效工资水平决定机制、完善的分配激励机制和健全的分配宏观调控机制，对于调动事业单位工作人员积极性，促进社会事业发展、提高公益服务水平。
最后，养老保险改革：养老保险制度改革是在科学分类基础上和以上的改革配套进行的。这几种改革都是相互联系、互为体系的，必须综合考虑配套改革才能成功。
按照这次国务院的决定，事业单位实行绩效工资制度分三个步骤进行：
第一步，从2009年1月1日起先在义务教育学校实施，已经开始做了。
第二步，从2009年10月1日起，在疾病预防控制、健康教育、妇幼保健、精神卫生、应急救治、采供血、卫生监督等专业公共卫生机构和乡镇卫生院、城市社区卫生服务机构等基层医疗卫生事业单位实施
第三步，从2010年1月1日起，在其他事业单位实施。
事业单位实施绩效工资的同时，对离退休人员发放生活补贴
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