清水岩庙宇依山而筑，下临深壑，为三层楼阁式。一层昊天口，二层祖师殿，三层释迦楼。三层两边各有檀樾厅、观音厅、芳名厅。殿后有宋建清水祖师骨灰“真空塔”，上有新筑三重檐方亭。殿宇红砖墙、青灰瓦，危楼重阁，隐在青松翠竹、烟岚缭绕的山顶，典雅壮观。
岩宇附近有各具特色的景致：“狮喉”、“清珠帘”、“方鉴圹”、“枝枝朝北”、“罗汉松”、“觉亭”、“石栗柜”、“岩图碑刻”、“三忠庙”等。“清珠帘”，“一泓清水流千古，四望苍山垒万重”；“枝枝朝北”为古樟树，相传为感岳飞蒙难而枝杈北向；“岩图碑刻”系浮雕清水岩石全景碑了这株樟两岸信仰的清水祖师 清水祖师又称“麻章上人”，闽南一带多称为“乌面祖师”，台湾则称为“祖师公”、“祖师爷”。全省近百座的清水祖师庙中，祖师爷的分身，别称“三代祖师”、“蓬莱祖师”、“显应祖师”、“照应祖师”、“辉应祖师”、“普庵祖师”。
相传清水祖师俗姓陈，名应(一说为陈昭或陈昭应)，也有人叫陈荣祖，法名“普足”，宋仁宗庆历四年正月初六诞生于福建省泉州府永春县小姑乡。陈应自幼在大云院出家，因不堪寺院的虐待，于是到高太山结茅筑庵，闭关静坐，后经大静山明松禅师指点，参读佛典三年，终于悟道。明松禅师授他衣钵，并告诫他：“我佛最大功德，就是行仁，是故要舍弃万缘，以利物济世为职责”，陈应便在麻章施医济药，普救贫病，麻章人士尊他为“麻章上人”。
宋神宗元丰六年，清溪(福建安溪)永春一带大旱，乡人请他去祈雨，普足一到，立刻甘霖普降，因此被尊称为“清水祖师”。清溪人士便在蓬莱山上筑一精舍，延请麻章上人居住，并称此为“清水岩”。麻章上人在此修行十九年，独力募化，修桥铺路，人人称便，漳州、汀州一带的人都十分崇信他。宋徽宗靖国九年，五月十三日在说教中端坐而逝，享年65岁。地方人士感念其德泽，奉报朝廷，敕赐“昭应大师”封号。
另根据台湾三峡祖师庙说明，清水祖师是北宋京都开封府祥符县人(今河南开封)，曾追随宋丞相文天祥义举勤王，英勇抵抗元兵，转战大江南北，是抗元扶宋的民族英雄。清水祖师生前隐居于福建清水岩，死后明太祖追念他功在国家，敕封为“护国公”昭命于福建省泉州安溪县清水岩建立祠堂崇祀，因此泉州安溪人称他为“祖师公”，其庙宇称为“祖师庙”。 清水祖师文化在台湾、东南亚各地很盛行。清水祖师文化发祥地福建安溪清水岩，是一处闻名海内外的游览胜地。距安溪县城24公里处的蓬莱山清水岩，是福建省文物保护单位，也是省级风景区。清水岩始建于北宋元丰六年(1083年)，相传是清水祖师所建。从宋至今，维修、重建、改建20多次。依山而建，相传曾有99间，均为明清建筑。外观似“帝”字形，分三层，一为昊天口，二为祖师殿，三为释迦楼。殿后宋代真宝塔为清水祖师埋骨处。四周富于神话色彩，文物古迹众多，吸引了海内外成千上万游客前来观光旅游和朝拜。清水祖师谢世后，先后四次得到朝廷的敕封。说明清水祖师信仰在南宋时期得到地方官府的扶植和朝廷的承认，也说明清水祖师去世后，成为闽南百姓心目中的重要神灵。
安溪清水岩是台湾和东南亚众多清水祖师庙分灵去的祖庙，它们和安溪清水岩具有悠久的历史渊源关系。从明代以后，随着一批批安溪人纷纷迁移台湾和东南亚各地谋生，清水祖师的香火也传到那里。郑成功收复台湾时，队伍中有许多安溪人，他们身上带着“清水祖师公”的香火。清康熙年间，由于安溪人文渊阁大学士李光地推荐施琅平定台湾和以后的林总兵镇台，施、林对安溪人有较大的关照，促使安溪人大批携眷渡台定居。随着安溪人移民的增加和村落的形成，清水祖师庙也陆续建造起来。凡是有安溪人聚居的地方，大多有清水祖师庙。清水祖师信仰成为台湾安溪移民维系各自群体团结的精神力量。
据1930年台湾寺庙调查材料，排在前面的神佛，其中安溪的清水祖师排在第10位，庙宇83座。这说明安溪清水祖师信仰在台湾影响广泛，占有举足轻重的地位。安溪清水祖师信仰在东南亚各国也广泛传播。随着安溪人飘渡南洋并在南洋落了户，他们带去了清水祖师公的香火，在南洋各国建庙奉祀。在新加坡、马来西亚、缅甸、印度尼西亚、泰国等国家都有清水祖师公庙宇。
在马来西亚槟城有一座著名的“蛇庙”，实际上是供奉清水祖师，这座蛇庙已有一百多年历史。缅甸安溪会馆以“清水祖师庙”的名义，向当地政府申请立案而建立。缅甸于清同治十三年(1875年)，在仰光市首建“福山寺”祖师庙，奉祀清水祖师，悬有中国佛教协会会长赵朴初到缅甸时写的“千山钟神秀，百福相藏严”的对联。
新加坡的祖师庙不少，较大的是蓬莱寺，在印尼、马来西亚、泰国、越南、澳洲等地，也都建有清水祖师庙，奉祀祖师公。历史上，台湾、东南亚清水祖师庙的信徒常来拜谒安溪清水祖师祖庙，进行清水祖师文化交流。他们朝拜祖庙并捐资修缮祖庙。
早在第二次世界大战结束，不少侨胞回乡朝拜祖庙并捐款修庙，如新加坡侨胞柯贤树首倡修岩。1966年之后，新加坡李月母子和柯秋水父子续倡修岩。1982年刘慕贤倡邀新加坡、马来西亚的刘姓侨胞，集资改建檀樾祠和观音阁。以后又有许多侨胞到祖庙拜谒并捐资修庙。1988年元月6日，侨胞林育敬、卓振卿，不远万里，专程回来庆祝祖师圣诞，发起创立清水祖师教育基金会，并率先捐出人民币几十万元。
近几年来，台湾同胞来安溪清水岩祖庙拜谒进香的越来越多，他们到清水岩祖庙游览、进香，有的还题字留念。先后有台北景美会元洞清水祖师庙，台中县龙泉乡龙泉岩进香团、淡水清水岩进香团、淡水镇保安庙管委会等数十个团体到安溪清水岩寻根揽胜。台北三峡礁溪里的苏万发等9人，专程拜谒祖庙，并在蓬莱山岩石刻下“溯本思源”作为纪念。从1987年至1990年台胞到祖师庙进香已达5万多人次，以后逐年增多，并恭请清水祖师神像300多尊到台湾供奉，表达他们对祖庙的崇敬之情，也表达他们热爱故土家乡的情怀。 清水祖师流传于民间的传说，充满浓厚的神话色彩，反映百姓对祖师驱邪斗恶、济世行善的崇仰之心，首先是试剑石传说。说的是陈普足初筑清水，并不一帆风顺，常遇山鬼来扰，与争道场。一天，普足持剑，指对岩左险崖上的巨石，说一剑能叫巨石削分两半。山鬼不信，普足对准大石，把剑一挥，大石劈为两边，众鬼一见退避三舍。
再来是方池传浮杉传说：说的是当时建寺缺乏做大梁巨材，清水祖师开口说要买下山林中所有的“无尾杉”，木材商心知山林中的“无尾杉”并不多，当即收下了清水师的钱并要清水祖师在五天里砍伐取货，逾期不能再砍伐取材了。说也真怪，清水祖师付钱后并不上山砍伐杉木，而是回到清水岩，并叫众僧徒在清水岩挖一个池塘，并在池中凿了一个洞孔，大家不知道这葫芦里卖的是什么药。第二晚上，突然狂风大作。山林中的杉木被大刮断吹倒了许多。第三天，清水祖师亲自到山林中去选取所需的大杉木，并放入林中的水沟中，然后回清水岩。这时，清水岩中那个挖开的池塘洞孔里接连冒出清水祖师从林选取的巨杉，一根接一根地出来，当出完第九根，第十根刚冒出头来的时候，一位小和尚说了声“够了”，于是那出头的第十根便立定不动了。这就是为什么直到今天，清水岩那池塘中的没事洞孔还留着一根露个头的杉材的原因。
第三个传说是袈裟收鬼众：清水祖师在与山鬼斗争中屡屡获胜，山鬼很不服气，还想寻机捣乱。于是清水祖师就想出了一个计谋来对付。一天，清水祖师把袈裟铺在地上，自己端坐其中，这时，一群山鬼蜂拥而上，使劲地拉扯袈裟，清水祖师一动不动，还挑站似的口吻问众山鬼不敢进到里面来，山鬼以为自己的鬼众量大，便纷纷奔入袈裟里。只等众山鬼跳入袈裟里来，清水祖师猛地一甩，山鬼大多被摔死。从袈裟角逃出来的四个山鬼，连忙跪地求饶，发誓再也不敢作祟捣乱了，并愿为清水祖师效劳。于是清水祖师便将他们收为大殿的护法神，这就是今天仍立在清水法门的赵、王、苏、李四大元帅。
