1. 蓬莱祖殿
蓬莱祖殿，又名清水祖殿，为清水岩主体建筑。始建于宋元丰六年(1083年)。正殿为重檐歇山顶楼阁式建筑，由昊天口、祖师殿、释迦楼三部分组成，大殿两侧有檀樾厅、观音阁、芳名厅等，共设99间，依山临壑，外观呈“帝”字形，古朴典雅。
2. 祖师圣像
宋建中靖国元年(1101年)，普足禅师(即清水祖师)圆寂于清水岩，乡人以沉香木为禅师塑像。像重36斤，高2尺8寸，面黑而貌古，庄严肃穆，供奉殿中。
3. 真空塔
清水祖师圆寂后，乡人将其舍利葬于殿后，筑塔覆亭于其上，名“真空塔”，是喻祖师圆寂时已了悟真空，得道成仙。今塔尚存，而旧亭早废。1988年重建真空塔亭。
4. 狮喉
在蓬莱祖殿座后，为天然大石墈。上连顶殿，墈中可容数十人，内有洞穴，圆口径0.6米，长年细水滴润，微风徐徐，如喉喘息，雅称“狮喉”。相传此处为祖师当年修炼及坐化处。在此祈愿，极为灵验。
5. 人间天上
字颜楷，各一米见方，镌刻于蓬莱祖殿右上方悬崖峭壁之上，乃民国35年(1946年)安溪县长王道纯来岩览胜时留题。清水岩风景区峰奇石怪、泉清壑幽、木古花香，长年云雾缥缈，古有“蓬莱仙境”之称。“人间天上”，一语概之，极尽美誉。
6. 放生池
在清水法门内，塘壁之石阴刻“放生池”字样，池内放生寿龟，悠闲自在，犹如万般烦恼皆摒绝，吸引众多游客驻足观赏，祈愿求寿。
7. 护法四神
为清水法门中供奉的四大将，亦称“赵、王、苏、李”四大元帅，威武庄严。相传四将原 为岩山鬼众，被祖师法力收服，录为殿前护法四神。
8. 清水法门
法门传说为空门、无相门、无作门，意谓三解脱门。内奉赵、王、苏、李四位护法神。门联曰：“众山旋绕朝清水；四将庄严护法门。”
9. 净水浮杉(方鉴塘)
俗称“浮杉池”。则灵渊之上、法门之前一塘，涧泉汇注，水清可鉴。后人取天光云影之意，喻池水之清澈，雅称“方鉴塘”。为元代文物古迹。塘中立有观音圣像，正对觉路，笑迎众诣岩礼佛之客。塘四周崖壁仞立，林荫泉盛，环境清幽。有诗赞曰：“一壑方塘一鉴开，骚人逸客共徘徊。山头云影池中现，坐看流觞逐水来。”
10. 圣泉洗心
在“曲水流觞”外，泉自石出，长年不竭，为宋代古迹。《清水岩志》陈希实序称：“正出曰泉，通明曰圣，亦以见大师廉让通灵之意。游人到此，饮之清心，沐之祛秽，瓶装带回喷洒庭院，用以驱灾凝祥，是曰‘圣泉’。”1988年，饰石雕龙头，泉涌出龙口，流注盥盘中。
11. 鬼洞
在岩宇护楼外偏右的斜磴下，有两巨石，阴刻着“鬼洞”行楷两字，各有1.3米见方，乃泉州书法家王爱琛所书。相传当年祖师与众鬼斗法，悉将妖魑幽禁于此洞内。
12. 代代绵延(母子树)
真空塔左顶，有一古樟树，早断尾梢。树外围6.6米，高10米，树心空壳，圆心直径1.86米，数人坐于树心，可仰望天空。古树头离地1.4米处长出子树一株，高9.6米，树叶扶疏，长势良好；树左离地4米之壳皮处，也长出幼树一株，生机旺盛。古树通灵，母子相依，代代绵延，实为奇观。
13. 剑气凌霄(试剑石)
岩宇之左，有“削”半的岌石，相传是当年祖师与山鬼试剑比法，削去巉石的留迹。“试剑石”三字阴刻行书，字径高2.2米、宽2.5米，出自仙游郑良怀之手。
14. 龙华三会
祖殿第一层昊天口将上第二层时，迎面所见，即为“龙华三会”。龙华三会指弥勒佛于龙华树下成道的三会说法。此处供奉着弥勒佛，大肚袒露，笑容可掬。边联曰：“大肚能容容天下难容之事；开口便笑笑世间可笑之人。”为著名书法家沈觐寿以颜楷所书。
15. “曲水流觞”碑
方鉴塘左边的悬崖上，镌刻着：“万历辛丑春日，建觉亭，开觉路，引水流觞，共醉千仞冈头。清溪长廖同春偕邑士绅李椿、詹仰宪。”镌版高2.6米，宽0.74米。
16. 观天
此二字在“曲水流觞”碑之上，中共泉州市委书记施永康书。字巨大而雄浑，远观气势磅礴。
17. 岁岁不老(罗汉松)
沿觉路而行，近“圣泉”处之路旁，有一罗汉松，为祖师手植。相传，此树每年长三寸，遇雷电则矮三分。今树高13米，围1.33米。“罗汉松”碑三字柳楷，系厦门白启模书。
18. 觉路
乃直通岩殿之路，为明万历二十九年(1601年)，知县廖同春所开。前又筑有一亭，名为“觉亭”，意在以觉路度迷津，救众生于苦海，入极乐之佛国。觉路弯坦平磴，游客登临，宛入仙境。
19. 岩图碑
在纶音坛后之亭中。碑系两石合拢之浮雕，高2.9米，宽0.98米。碑上额篆刻“岩图”两字，字之下浮雕南宋时期清水岩“帝”字形建筑布局及构筑度数。“岩图碑”对于研究古代建筑有很高的史料价值。1985年被确定为省级文物保护单位。
20. 纶音坛(石柜坛)
耸峙在觉亭对面，倚“六老同游”的崖刻上，又称石柜坛。建于元延祐四年(1317年)。坛正面载有祖师于宋代四次荣受敕封的纶音牒文，浮雕着翔龙和“皇帝诰命”及“敕赐昭应广惠慈济善利大师”的阴刻篆字。左边垛阴刻延祐年间岩宇重建的记事。
21. “六老同游”碑
在觉亭对面、纶音坛(石柜坛)之下的摩崖上，阴刻着颜楷：“万历戊戌冬十月，晋江庄国祯、林云程、黄凤翔、林乔相，南安欧阳模，安溪詹仰庇同游此。”摩岩版幅高2.25米，宽0.98米。
22. 觉亭
亭为朝北古樟所荫，本是小茶棚。于宋随游人渐多而改建为茶亭。明万历二十九年(1601年)，知县廖同春倡修改建，并取“还惺转念，一觉即是”之义，易名为“觉亭”，意在醒世之迷愚者。亭四周围石栏，仿木斗拱，重叠回护，金碧辉煌。游客一路贯穿林荫，到此一觉，真乃“禅林第一关”。
23. 枝枝朝北(古樟)
为蓬山主峰中仑、觉亭之畔雄踞的一耸天古樟，系祖师手植，树龄近千年，高31米、围6.9米，主干劲直而枝叶均迂回北拂，故得名“枝枝朝北”。
“枝枝朝北”古樟树颇具灵性，其北拱之枝叶回护三忠庙，似以表证“三忠”向北之耿耿忠心；又传：祖师家永春在岩之北，此树枝枝北向，表达了祖师的思乡之情。旧志载，昔时官府派人到清水岩，欲砍此樟造船，岩寺住持极力劝阻，差人仍一意孤行，令匠人砍树。不料匠人刚动斧砍伐，便自伤其足，差人七孔流血，始知乃神树也。 树前有“枝枝朝北”一碑，为厦门书法家白鸿所书。
24. 义烈馨香(三忠庙)
在觉亭外、古樟树边，始建无考。重檐歇山顶建筑，原祀张巡、许远、伍子胥，明代将伍子胥请出，改祀岳飞，后来又增祀关羽，虽名“三忠庙”，实际上则奉祀四位忠臣英灵。
25. 护界宫
清水岩北坡，古道曲绕，道侧一坦处，即护界宫。内奉“护界将军”、左“千里眼”、右“顺风耳”三神。宫始建于宋，屡经修建。门前一联：“千里眼瞻是非世态；顺风耳辨善恶心声。”贴切自然，耐人回味， 乃刘坤贞撰，王爱琛书。
26. 海会院
始建于民国15年(1926年)，于20世纪30年代后期倾圮。现有建筑为1996年重建。院之主殿奉祀“西方三圣”，即阿弥陀佛、大势至和观世音，两侧奉18罗汉。院后遍布摩岩石刻。
27. 朝圣台阶
台阶建于1997年，两旁石柱雕塑12生肖，喻佛祖保佑众生之意。台阶共108级，寓意“吉祥”、“极高”，且合“世间108种难”之佛意。登者每上一阶，则去一难，及至登完，喻已历尽108难，踏足仙佛圣域，从此脱离苦海，以此寄托人们对美好人生的向往。
28. “4A”标志碑
清水岩于2002年被评为国家AAAA级旅游区，石碑依据国家旅游局所授之牌样勒于石碑上，立于景区入口处。
29. 休息长廊
在朝圣台阶正对面。专供游客游山时小憩。身居廊中，视野广阔，可观赏蓬山云景，其趣无穷。
30. 仙人指露(出米石)
在老寮横路旁，孤立一巨石，石之半腰间孔隙中，长年有积水。志载：“宋淳熙年间，开辟蔬园，无水可灌，一日佛指而杖之，水即流出，混混不竭。”故名“出水石”，有水则农田可播，亦即有米，故又称“出米石”。
31. 瞰龙亭
在岩的北坡。居此亭中北眺，千帆竞发，火车如龙，是清水岩一大胜景。
32. 望云亭
在海会院之后，两层，建于1996年。亭所处地势清高，且拔耸云端。立于此亭，可尽览云卷霭舒之千姿百态，蔚为壮观。
33. 清水洞天
建于2001年，位于蓬山主峰半腰之上，为清水岩西山门。山门之顶琉璃红瓦，飞檐出水；门之石柱，凿刻翔龙，雕工细腻，条纹流畅；山门高11米，雄浑矗立，庄严肃穆。横匾题刻“清水洞天”四字，为中共泉州市委书记施永康书。
34. 羽衣三翠(三棵松)
由“出米石”往西行数步，遥看有三松立于山坡间，旁无杂树。三松老干遒枝，羽衣翠绿，风流倜傥。
35. 佛国碑
相传为祖师手书。原有二碑，其一已毁。此碑今存于彭格路旁山坡间。又传，此碑乃宋大理学家朱熹所书。
36. 蓬莱仙境
清水岩泉清壑幽，木古花香，云雾飘渺，变幻无常，素有“蓬莱仙境”之誉，为佛学大师赵朴初老先生所书，字径各1.2米见方。
37. 拔节参天(石笋)
岩主峰西南斜坡间，拔地屹立一石，嶙峋直挺，高4米，俨若天柱，势插青云，故称“笋石”。
38. 水田佛影(袈裟石)
在半岭亭下两侧路坡间。传说当年祖师外出回岩，曾在此石稍坐憩息，身上袈裟，影入石中，而显“田”字的袈裟纹于石上，故称“袈裟石”。
39. 神龟听法(神龟石)
护碑亭旁之林间有一小径，拾级而上，未及百数，可看到数石卧于林下，貌若一龟俯而静听祖师讲法，形神兼备。
40. 鬼戏金狮(小鬼弄金狮)
在石蒸笼仑下，四洲佛近处。立怪石两块，一似“金狮”，一似“小鬼”，俗称“小鬼弄金狮”。
41. 渡海浮槎(石船)
护界宫外，古道之侧，有巨石一方，状如启锚行驶的船舶，甚为奇观。
42. 九曲十八洞
海会院后顶坡陡崖，怪石遍布，有大小弯曲洞天18个，洞或深或浅，或明或阴，千姿百态，有伏如虎，有卧似犀，有利若锋，有植如柱笏，不可胜计。兼之峰高雾多，岚潮气湿，虽在酷暑，洞石尚甚润滑。林海淌漾，沁人心脾，有“惠风心中浸，浮云足下生”之感。
43. 石蒸笼
石船对面的坡上，有层叠的怪石，形似上下两层的蒸笼，矗立在森郁林中。
44. 无字天碑
岩顶峰有一巨大巉石，状似石碑，挺于石上，混沌迷糊，并有蝌蚪文字，甚为奇特。
45. 曲径通幽
山间之蜿蜒小路。沿此路漫游，寻幽探奇，心旷神怡。
46. 百曲盘香
清水古刹，胜踞高山，原虽石级古道，游客往返未便。后建成通岩公路，蜿蜒曲折近百弯，车行其间，宛若云烟飘忽，飘飘欲仙。
47. 灵火莲台(火化石)
出米石外、停车场旁一坦处，周围垒有小石块，似古坟，即化火台。据传是当年祖师示寂的火化地，也是历代住岩和尚圆寂火化之所。
48. 半岭亭
志载，祖师营筑岩寺后，即在半岭筑亭，供游客小憩，名曰“半岭亭”。亭屡经重建。
49. 洋中亭
在蓬莱镇联中村。宋元祐间，祖师亲建洋中亭，常在此施医济药。
50. 节节平安(裂竹)
清水法门外的崖石上，有翠竹一丛，下阴刻隶书“裂竹”两大字。传说宋代有一孕妇诣岩进香，步临竹下将娩，依翠竹而生下婴儿，竹即破裂揽护，日后此子金榜题名。古诗赞曰：“凌霄裂竹两三枝，忽遇妊人乃裂之。劲节长留君子德，如闻弹蔗起惊疑。”
