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EDTA ：TE 注释工具。是一个可以从头注释全基因组中的TE并且评估已有TE库注释优劣的工具包。该工具的主要步骤是过滤掉原始TE中注释错误的，从而注释出全基因组中较高质量的非冗余TE库。
OrthoFinder ：做进化、基因家族分析、比较基因组使用。它查找直系群和直系同源物，推断所有直系群的根源基因树，并识别这些基因树中的所有基因重复事件。 它还为要分析的物种推断出一个有根的物种树，并将基因复制事件从基因树映射到物种树中的分支。
TRF ：是基因组注释中常用于检测序列中串联重复序列的软件。
cafe ：基因家族收缩和扩张。
GMATA ：分析基因组中的SSR序列（SSR：微卫星序列，串联重复）
RepeatMasker ：鉴别转座子（TE）屏蔽转座子（TE）。
PASA ：是一种真核生物基因组注释工具，利用转录组数据的可变剪接比对自动构建的基因结构模型，从而保持基因结构注释与转录组实验数据一致。（基于转录组测序）
GeMoMa ：是基于同源性进行基因预测的软件。通过近缘物种蛋白编码基因对本物种的序列进行基因结构的预测，主要是根据氨基酸和内含子的保守性。此外，也可以整合转录组比对数据进行可变剪接位点的分析。
AUGUSTUS ：是真核基因组结构从头预测软件，主要运用广义隐马尔可夫的概率模型(GHMM)进行基因结构的预测。通过分析DNA序列在概率模型中最有可能的基因结构，从而发现目标DNA序列中的基因。此外软件自身包含常见模式生物训练集，可利用这些物种直接进行基因预测；也可以利用同源预测和转录组最优结果生成训练集，预测基因。
EVM ：对收集到的这些数据进行整合，获得非冗余外显子集合，从而定义出更加可靠的基因结构。（整合基因结构）
fastp ：最新的质控软件。
Hisat2 ：质控之后的比对软件。
Stringtie ：将比对信息转为转录本坐标文件。
MUSCLE ：蛋白质水平多序列比对软件，和ClustalW、T-coffee相比速度最快。
hasit2、STRA ：基因组比对软件，STRA更准确，但计算速度慢，所需内存大。
bowtie2 ：转录组比对软件。