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转录组测序结果怎么看
空间
转录组
第四讲:最详细的10x空间转录组summary网页报告解读
答:
一般我们拿到10x空间
转录组
数据分析的
结果
最先看的肯定是web_summary网页报告,因为从这个结果里面我们大概就能判断你的数据好不好,不好的问题在哪里,数据到底能不能用等等。这里来详细介绍一下
怎么看
10x 空间转录组web_summary网页版报告。10x ***空间转录组网页版报告模板如下:下面来详细介绍一下每块...
怎么
查公共数据里的
转录组测序
数据
答:
1、首先确认原始数据的登录号,然后用登录号在NCBI进行全文搜索。2、点击进入之后,点击“PRJDB11982”或“DRP007499”,可查看
转录组
数据库的文献。数据就是数值,也就是通过观察、实验或计算得出的
结果
。数据有很多种,最简单的就是数字。数据也可以是文字、图像、声音等。数据可以用于科学研究、设计、...
转录组
入门(3):了解fastq
测序
数据
答:
--gzip 输出gz压缩格式 --split-3 对PE reads使用 首先看下fastq数据前几行了解数据大概内容。因为是PE
测序
,所以两个文件都分别看下 zcat SRR3589959_1.fastq.gz |head -n 8 和 zcat SRR3589959_2.fastq.gz |head -n 8 。可以看出fastq数据每条read的记录由4行组成:其中 HWUSI-EAS10...
转录组
数据分析RNA-seq
答:
1.数据质量控制:检查原始
测序
数据的质量,去除低质量的读段(reads)。2.序列比对:将质量控制后的读段与参考基因组或
转录
本数据库比对,以确定它们的位置。3.定量分析:统计每个基因的读段数,通常表达为FPKM(每千个碱基的片段数每百万映射读数)或TPM(每百万转录本的片段数)等标准化指标,以消除...
如何查看转录组测序
中哪些基因上调多少倍
答:
拿到相比较的两组或多组RNAseq数据,以及相对应物种的gene list,收集不同条件gene list的fpkm或tpm值,然后进行比较就好了
2021-09-16差异表达基因时的Log2FC和FDR值的含义?
答:
FDR 即False Discovery Rate,错误发现率,是通过对差异显著性p值(p-value)进行校正得到的。由于
转录组测序
的 差异表达 分析是对大量的基因表达值进行独立的统计假设检验,会存在假阳性问题,因此在进行差异表达分析过程中,采用了公认的Benjamini-Hochberg校正方法对原有假设检验得到的显著性p值(p-...
转录组测序
5-基因差异表达分析
答:
转录组测序
是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据,数据质控,基因组比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集分析,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。 上一期视频 基因表达定量 中,我们讨论了在cl...
差异基因中 log2 fc 和 fpkm的区别
答:
fpkm为基因表达量的值,
测序结果
通常给出测出的所有基因的表达量值,通常FPKM值横跨10^-2到10^4六个数量级。FC为两样本(组)基因间的比值,在
转录组测序
中,早期样本组1,某基因平均FPKM值为455,中期样本组2,某基因平均FPKM值为100, 这个基因在样本组1、2之间的FC=455/100.=4.55 取log2FC...
二代
测序
那些事
答:
聊一聊最常用的二代
测序
那些事:
转录组
分析进阶 20170319-第01期-Illumina测序原理 主要是看一下 : 备注:黑色区域为P7;红色区域为P5;假设P5->P7 为正向 图示如下: adapter在中文是适配器或者接口的意思,在前面的内容中已经提到将测序序列打碎成片断后要将末端补平然后添加adapter...
WGCNA分析--提升
转录组测序
文章档次的利器
答:
不同发育时期和种子重量差异结果如下:
转录组测序结果
: 利用转录组测序所有基因以及所有样品的表达矩阵做样品间的相关性分析和PCA聚类分析,从中可以发现,相同的发育状态或者组织聚类在一起,说明他们之间具有较强的相关性。差异基因比较分析: 作者主要比较了相同发育状态不同品种之间的转录组差异比较,差异基因的上下调...
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