到明朝灭亡时，朱元璋的子孙到底有多少，其实并无精确的统计数字（北京宗人府的玉牒里有记载，但全毁于战火了），十几万人大概是有的吧，而“数十万”甚乃“一百多万”的说法，则过于高估了。
想想，朱氏家族的源头，不过就是朱元璋和他四十多个妻妾，还不到三百年，在全国各地竟繁衍出六位数量级的子孙！啧啧！说啥好呢？就说老朱家的爷们儿忒能生吧。
此题分两截来答，其（一），先说被李自成、张献忠等“流贼”所杀的明朝宗室，并不如人们想象的那么多——
杀明朝宗人，是彻底反明的必要举措，是最革命化的手段。毕竟各地王府代表了明王朝在地方上的统治堡垒，象征意义极强。但“流贼”杀戮的对象，主要是上层。
（大同代王府复建工程效果图。由图可见明代王府规模之巨大/皇帝不称朕）
根据明朝定制，凡皇子不继嗣者，都要分封到外地为王，不许在京邸居住。朱元璋就封了二十几位王，后来每一代几乎都有新的分封。老朱家孩子的福利待遇可好啦！第一代皇子为亲王（一字王，如燕王，又称“燕藩”），亲王的儿子除世子继为亲王，其他王子皆封藩王（二字王，如山西“晋藩”之庆城王）；藩王之子除一子继为藩王外，余皆封镇国将军，再下为辅国将军、奉国将军和镇国、辅国、奉国中尉。此外还有“郡主（郡王女）、县主、郡君、县君、乡君”等女性爵，郡主以下的夫君通称为“仪宾”。凡这些“亲”，都领一份俸禄。这种绝对利己主义的分封制度是前所未有的，由于有一份多少不等的“铁杆庄稼”做底，朱氏子孙才得以迅速膨胀；而朱氏宗室受限制极严，不许从事科举或其他任何营生，除了生孩子，他们还能干嘛呢？
宗人们的生计由什么做保障？说白了，就是民脂民膏，是剥民以食，他们不创造财富和社会价值，完全是坐食的寄生阶层。
您说，两百多年里，民怨能不久蓄，继之以沸腾？
一旦朱氏政权统治力削弱，国家遭逢大乱，明朝宗人自然首当其冲，成为“乱民”泄愤的对象。屠戮宗室，就是最彻底的造明朝的反。李自成攻下洛阳时，杀死崇祯帝的叔父福王朱常洵，就具有强烈的象征意义；但李自成对明朝宗室并未只是滥杀，比如他所俘虏的晋王、秦王等，都没有加害，而是随带在营中。
南方（从陕西到湖广荆襄、河南、江西、安徽等江淮之地）的明朝宗室多为“流贼”所杀。但要指出的是，被残害者，多为中上层（即将军、王等），这些人祖遗家产丰厚，目标显眼（如矗立在城中通衢、规模宏伟的王府、将军府等），名头又大，当乱民起、乱兵来时，自然最易受到攻击。如大同，经闯王之乱后，“各王府及有宗禄者，诛锄殆尽”，“所遗者唯穷宗数百余人”。但“诛锄殆尽”并非指“有宗禄者”全被杀死了，多数人应是弃家逃亡了。当时天下鼎沸，长江以南，到处都是避乱的宗室，往南京的一路，每天来船，不是流浪的王子（如福王朱由崧、潞王朱常淓等），就是落难的将军。
拥有较高地位和较多财富的宗室，死亡较多。可是明末宗室的主体成员，是广大下层宗人。他们生活条件很差，许多人连普通平民都不如（这主要是因为明朝中后期，陷入严重的财政危机，难以自拔，使得宗人的粮禄无法供应，宗人们又不能自谋生路，衣食无着，造成大量的赤贫宗人）。这些人空守着宗室的名号，却与常人无异，他们不会成为李自成的杀戮目标，后来也不成为清廷的剿杀对象。他们大多数人在入清后，就成为普通的百姓——也因此解除了“宗室”名号带给他们的束缚。
其（二），清廷入关之后，对前明宗室，先实行恩养抚恤政策，后来才突然转为剿除杀害（详见拙作《由“恩养”到屠戮：清廷对明朝宗室态度为何忽然转向？》）。被清廷所杀的，也主要是上层宗室，人数不会太巨。
（乱世之中，处处皆见杀杀杀，直是玉石俱焚/皇帝不称朕）
清兵在崇祯中三次入关，在畿辅、山东等地进行大规模的军事侵略，在这个过程中，对明朝宗室多有俘获或诛屠。如崇祯十五年（1642年），清军攻到山东兖州府，将所获鲁王朱以沛及乐陵王、阳信王、东原王、安丘王、滋阳王等郡王，还有管理王府事务的宗室等官数千人，“尽皆诛戮”。
清军入关后，为争取支持，对明朝诸王采取“收养”政策。在进入北京的第二天（五月三日），摄政王多尔衮就传谕兵部，称“朱姓各王归顺者，亦不夺其王爵，仍加恩养”。不久再次重申，“朱氏诸王有来归者，亦当照旧恩养，不加改削”。其目的就是为了诱引朱氏宗王来降。
以上两道敕谕皆指“朱氏诸王”，对一般宗室，则由地方官“量给粮米，以资糊口”的养赡，或发到各村落散住，令其自食其力。
顺治三年二月，负责招抚江西的兵部尚书孙之獬奏言：“江西故明宗室数千人，聚居省城，不无可虞”，请敕令镇守将领“驱治”之。多尔衮遂借此事，下令将“其宗室名色概行革除”，前朝宗室禄田、钱粮与民田一体起科，犯法者与小民一体治罪——一纸诏令，将前明宗室名号连同一切特权，正式废除。实际上是通过“平民化”措施，将人口众多、分布极广的中下层宗室的问题一揽子解决了。
而对“诸王”级别的高层宗室，主要采取人身消灭的手段。
当年五月，北京忽然传出“明诸王私匿印信，谋为不轨”。此案导致鲁王、荆王、衡王世子十一位王子被诛。上年在杭州降清，被送来北京的潞王朱常淓，也在此时被害。事变后的第二个月，多尔衮传谕兵部，要求各省（主要是北方山东、河南、山西等省）查明前明宗室的情况，并委拨官兵将诸王及其眷属护送来京。
随着清军向南用兵，在顺治三年到七年间，对前明宗室展开了残酷的屠杀。如三年，清军入广州，执绍武帝，杀故明藩王十五人于东校场；七年，在惠州诱杀六王，“凡诸王子在襁褓，及宗室女已嫁者，尽杀焉”！
这一时期，清廷已将前明宗室作为一种隐患（他们多为南方反清势力所拥戴，成为“复明”的一种旗帜和象征），加以刻意消灭，死者颇多。在这样严酷的环境下，许多朱姓人家被迫改姓逃亡。
综上所述，明清易代之际，朱氏子孙惨透了，死亡流移，苦不堪言，但在乱中被杀的，主要是上层宗室（诸王、将军们），而广大中下层宗室，并没有成为被清兵或贼兵“定点消除”的对象。所谓几十上百万朱氏子孙遭到灭绝式杀戮的说法，是不准确的。