在遥远的神话时代，海中的波塞冬、冥界的哈迪斯无一不在觊觎人类赖以生存的大地。身为大地守护神的雅典娜，与他们展开连番战争。与此同时，人类中一些骁勇善战、正义善良的少年围绕在女神身边和她并肩作战。他们拳可以撕裂天空，脚能够踩裂大地，这群不用武器、完全凭借赤手空拳战斗的少年被称作“雅典娜的圣斗士”。从神话时代开始，雅典娜和圣斗士们就与无数邪神展开无数次的圣战。时间到了现代，星矢、紫龙、冰河、瞬、一辉等五个青铜圣斗士在战争中不断成长起来，他们打败了阴谋篡位的教皇、意欲淹没大地的海神波塞冬，对抗企图带来永久黑暗的冥王哈迪斯。为了大地和人类，雅典娜和圣斗士们一次次挺身而出…… 教皇撒加见众多的白银圣斗士亦不敌星矢他们一班青铜圣斗士，终于，连黄金圣斗士也要出动了。狮子座的艾奥里亚因要为哥哥艾奥罗斯洗去污名，因此自愿出发。穿上了人马座黄金圣衣的星矢在艾奥罗斯的灵魂帮助下击败了艾奥里亚，沙织以女神的身份出现，艾奥里亚终于明白真相，返回圣域找教皇算帐。
沙织率领一班青铜圣斗士来到希腊圣域与教皇决战，可是沙织被黄金之箭射中，一定要在十二小时内突破十二宫并找出教皇才能救回沙织一命。于是星矢、紫龙、冰河、瞬决定冒死突破十二宫……
在经历一系列惨烈的激战之后，星矢赶到教庭，看到善良的教皇，他命星矢到雅典娜神殿拿取神盾去救雅典娜。但是教皇突然变成邪恶的化身，并穿上了双子座黄金圣衣，原来他就是十三年前失踪的撒加。这时复活过来的一辉牵制着撒加，星矢终能拿到神盾救回雅典娜。女神得到剩下的黄金圣斗士迎接，赶去教庭，途中救回濒死的紫龙、冰河及瞬。到最后，撒加被星矢集合众人力量的一拳回复善良，含着泪用手击打心脏自尽。至此圣战宣布结束，邪恶再一次离开圣域。 掌管七大洋的大神--海皇波塞冬借口帮人类清洗掉所有的罪恶，将世界带入了洪水和海啸还有地震的恐怖中！爱和正义的化身--女神雅典娜被波赛东囚禁在生命之柱中，代替人类经受海水的浸泡...圣斗士必须击败波赛东和他手下的海斗士，救出女神、拯救整个世界。
在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领一百零八冥斗士向人类世界发起攻击，雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。
与哈迪斯的圣战，每200多年进行一次，而来到现代的今天，禁锢哈迪斯的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。复活后的哈迪斯及其冥斗士将魔爪伸向圣域。连番恶战，圣域几近毁灭。雅典娜以死参悟阿赖耶识进入冥界。青铜五人组以女神之血修复业已破损的圣衣，随后闯入潘多拉城。
战场移到黑暗的冥界，一场绵亘了数千年的正邪大战就此展开…… 天界篇序奏（SaintSeiya:TheHeavenChapter-Overture）（电影）
冥界篇的死斗之后。中了冥王哈迪斯的诅咒而丧失所有力量的星矢在城户沙织照顾下静静地生活着。但奥林匹斯十二神之一的月之女神阿尔忒弥斯要将反抗神的星矢抹煞掉，于是派遣了三名天斗士（Angel）下人界。沙织为救星矢的性命，将女神的地位和地上世界的支配权交给了阿尔忒弥斯。成为大地之神的阿尔忒弥斯企图在大地上施下天罚令人类灭亡，而失去神力的沙织则通过流出自己的鲜血来保护人类。面对未曾有过的危机，本应失去力量的星矢重新站起，重新赶赴雅典娜的身边。然而天斗士们出现在星矢的面前并阻挡其去路，紫龙、冰河、瞬、一辉也与天斗士们陷入苦战。最后连奥林匹斯十二神的阿波罗也降临了。面对全宇宙最强的神，赌上人类命运的最大的战斗开始了。 （冥王神话ND）
1990年，星矢在极乐净土最终决战中被冥王哈迪斯之剑刺入心脏，即使返回现世神剑也无法拨出。为了破坏剑，城户沙织带上瞬穿越时空前往243年前的前圣战时代。
谁知到了前圣战时代，纱织却是变成婴儿降临在雅典娜神像前，教皇与双鱼座卡迪奈尔当场叛变，所幸处女座释静摩救下了婴儿纱织，但随后落进了陷阱-神之迷宫。瞬则落在了圣域竞技场上，与243年前的天马座圣斗士“天马”相遇；随后一辉，冰河，紫龙也跟着穿越到了这个时代。
这时冥王军的天雄星水镜[前巨爵座圣斗士]登场，目的是夺取雅典娜的首级，他一路闯宫，向白羊座史昂，金牛座奥克斯，双子座该隐&亚伯，巨蟹座迪斯托尔，狮子座凯撒五位亦正亦邪的黄金圣斗士发起了挑战，最终水镜死在了曾经的挚友天秤座童虎面前，之后童虎宣布要夺取雅典娜的首级，成为叛变之人。
迷宫里释静摩与早在叹息之墙就已死去的处女座黄金圣斗士沙加展开对决，纱织则成长为幼女体型，展示出其强大的神之小宇宙。
接着冥王军的天贵星维梅尔率领冥斗士准备从黄泉比良坂进入巨蟹宫；而足以让圣域毁灭的传说中第十三位黄金圣斗士蛇夫座也在复活中，影响到了现代的白银蛇夫座莎尔娜；天界派来杀害雅典娜的天斗士斗马也紧追不舍。多方势力正在慢慢交织在一起，圣斗士的神话仍然继续着.............
