法律分析：1、性质不同
辞职是劳动者向用人单位提出解除劳动合同或劳动关系的行为；而自离是职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。2、待遇不同
辞职是双方协商解除劳动合同。因为合同期未满，一般由劳动方提出解除合同申请，用工方同意后，视为协商解除劳动合同，用工方要给付劳动方应得的劳动报酬及其它权益。自离是劳动方未与用工方协商，单方面解除劳动合同，不仅不能得到应得的劳动报酬，还有可能遭用工方追诉违约损失。
3、主体不同
解除劳动合同的运用主体可以是用人单位，也可以是劳动者。而辞职、自动离职的运用主体只是劳动者。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》
第四十六条 有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
(一)劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的;
(二)用人单位依照本法第三十六条 规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的;
(三)用人单位依照本法第四十条 规定解除劳动合同的;
(四)用人单位依照本法第四十一条 第一款规定解除劳动合同的;
(五)除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的;
(六)依照本法第四十四条 第四项、第五项规定终止劳动合同的;
(七)法律、行政法规规定的其他情形。
第八十五条 用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿;劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分;逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
(一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的;
(二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(三)安排加班不支付加班费的;
(四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。