1935年1月22日，红四方面军按中共中央电示“集中红军全力向西进攻”，配合中央红军长征。在即将撤离根据地前的2月初，红四方面军总政委陈昌浩，中共川陕省委书记、省游击总指挥周纯全、省苏维埃副主席余洪远等研究决定，成立巴山游击队。由驻旺苍坝的红31军政治部特务队、31军92师277团3营9连、4军12师36团1营2连，分别组成第一、二、三大队，由刘子才（4军12师36团1营教导员）任司令、赵明恩任宣传部长。游击队组成后，即移驻南江县与南郑县之间的桃园寺，发动群众，开展游击战争。
1935年3月，红军西渡嘉陵江前，又将4军12师36团特务连留在桃园，并派出20多名连级干部，发给枪支500多支，还抽调南江、英安（今旺苍县境内）两县地方干部到桃园工作，组成一个独立师和一个县委。师长刘子才，县委书记吴善礼。继又将中共陕南褒沔中心县委的红庙塘游击队编入，全师共约1000人。组建时，徐向前、陈昌浩、周纯全等给予了热情鼓励。1935年4月，红军撤离根据地，把革命的火种留在川陕边区，继续坚持游击斗争。 巴山游击队以红31军名义开展斗争，打击民团和神团的复辟活动，在南郑县建立了小坝、喜神2个乡、11个村苏维埃政权，发展了蒿坝、高桥、小坝独立连、游击队。9月，打败陕西国民党38军两个团的围攻，10月发展到1200人，游击区域扩大到纵横500平方公里。
1936年1月，“独立师”师部移驻喜神坝乱草池。3月，在敌陕西38军围攻时，师长刘子才思想麻痹，指挥失误，部队损失200多人。在转移中又犯轻敌错误，部队再遭重创。部队到达三道河（现宁强县境内）时执行错误政策，造成原31军政治部特务连脱离主力，单独前往通江碑坝被国民党保安队瓦解。主力到达桃园时，仅余下260人左右。5月，部队整编，吴三保代理师长，下辖一、二营，分别由王天海、赵明恩任营长，驻小坝。8月，由于部队高度集中，又受到38军偷袭，从此部队长期处于无根据地的流动作战中。后在桃园焦家河会合时，仅存65人，被迫隐藏深山，驻大河河畔一石窟中。
