应该是国内的领事馆怀疑你的材料有问题，返回日本从新审查。
日本留学签证流程：
1、向日本境内日本语言学校提交入学申请资料；
2、收到学校的入学许可通知；
3、申请者交纳报名费；
4、向“东京入国管理局”申请“在留资格认定”；
5、合格后“东京入国管理局”会把“在留资格证认定证明书”交给日本境内的日本语学校；
6、日本境内的日本语学校通知申请者“在留资格认定证明书”认定成功；
7、申请者交付入学注册费、学费等；
8、日本学校把“入学许可书”、“在留资格认定证明书”邮寄给申请者；
9、申请者向日本驻中国大使馆/领事馆出示“在留资格认定证明书”，并提出入国申请；
10、日本驻中国大使馆/领事馆把“入国许可”(即签证)发给申请者；
11、申请者入学。
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