工厂工作12个小时不违法，是因为工厂按照法律规定给予了加班费。如果用人单位没有给加班费，且月度加班时间超过了规定时间，也是违法的。国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
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48小时属于什么工时制度
八小时工作制不包括午休时间，可以将合理的午休时间从工作时间中去除。劳动者享有依法休息的权利，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。企业因为生产特点不能实行八小时工作制的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。
工时制度的基本内涵
工时制度即工作时间制度，据现有情况，我国有五种工作时间制度，即标准工时制、缩短工时制、延长工时制、综合计算工时制、不定时工时制。标准工时是我国运用最为广泛的一种工时制度。
在标准工时制下，根据《劳动法》第三十六条、《国务院关于职工工作时间的规定》第三条的规定，工人每天工作的最长工时为8小时，周最长工时为40小时。并且根据《劳动法》第三十八条、第四十一条规定，标准工时制还有其余几点要求。
什么是不定时工时制
经批准实行不定时工作制的职工，不受《劳动法》第四十一条规定的日延长工作时间标准和月延长工作时间标准的限制。
实行不定时工作制的职工，用人单位应采取适当的休息方式，确保职工的休息休假权利和生产。工作任务的完成。
实行不定时工作制，除法定节假日工作外，其他时间工作不算加班。
根据劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》（劳部发［1994］503号）的第四条规定，企业对符合下列条件之一的职工，可以实行不定时工作制。
工作时间12小时是否合法
劳动者每天工作的时间不超过8小时，所以每天工作12小时是不合法的，但劳资双协商工作12小时，并且经劳动部门批准的，或者出现自然灾害等情形的，工作12小时是合法的。
《中华人民共和国劳动法》
第三十六条国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
第三十七条对实行计件工作的劳动者，用人单位应当根据本法第三十六条规定的工时制度合理确定其劳动定额和计件报酬标准。
第三十八条用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
第三十九条企业因生产特点不能实行本法第三十六条、第三十八条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。
《中华人民共和国劳动法》第四十一条用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
第四十二条有下列情形之一的，延长工作时间不受本法第四十一条的限制：
(一)发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的；
(二)生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的；
(三)法律、行政法规规定的其他情形。
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