全州流域而积大于100平方公里的河流45条；大于1000平方公里的河流有清江、酉水、沿渡河、溇水、唐岩河、郁江、忠建河（又名贡水河）、马水河、野三河，这9条河流在州境总长度1154公里，总流域面积21801平方公里。全州水资源总量为299.8亿立方米。根据多年实测和12个径流站年径流资料（按8个区划分）计算得出，全州平均年径流量为233.63亿立方米。本州岩溶发育强烈，暗河伏流多，地下水储量丰富，类型为裂隙岩溶水，储量64亿立方米，占全州水资源总量的21.4%。全州水能资源理论蕴藏量为509万千瓦，可开发量349.1万千瓦。
著名的水利枢纽：水布垭水利枢纽、大龙潭水利枢纽。 据2011年全州矿产资源储量表显示，全州共发现矿产地370余处，各类矿产75种，分别占全国和全省矿种的41.7%和51.5%。查明和基本查明资源储量的主要有：煤、铁、磷、天然气、硫铁矿、石膏、石煤、高岭土、耐火粘土、铝土矿、硅石、萤石、重晶石、大理石等28种。其中，煤、石煤、天然气、铁矿、磷矿、高岭土、石膏、硒、菊花石、石灰石等十种矿产储量，居全省第一位。硫铁矿、硅石储量分别位居全省二、三位。硒矿资源世界独有，被誉为“世界硒都”。
煤炭在全州8县市均有分布，已探明储量3.45亿吨，保有储量2.57亿吨，发热量4000-7500大卡/千克。石膏矿：主要分布在利川，仅后河石膏矿712455640区探明储量3090.6万吨，二水硫酸钙含量87.59%。石煤：在全州8县市广泛分布，已探明资源量4.32亿吨，发热量800-2500大卡/千克。大理石：主要分布在咸丰、利川、巴东，已探明资源量800万立方米，以其低辐射受国内外消费者青睐。高岭土：主要分布在恩施、咸丰，已探明储量1134.1万吨，三氧化二铝含量36.22-44.93%。
磷矿主要分布在鹤峰县，已探明储量4741.2万吨，保有4257.9万吨。菊花石：菊花石属省内独有的稀有资源，已探明储量16万立方米。铁矿鄂西铁矿是全国四大铁矿之一，储量位居全国前列，其中大型矿床2处，中型矿床9处，主要分布在巴东、建始、恩施、宣恩，全铁品位41.95-52.6%，已探明储量13.09亿吨。
硒矿：恩施州硒资源丰富，被誉为“世界硒都”，具有世界上唯一独立的硒矿床，是我国迄今发现的第一个富硒区。硅石：全州8县市均有分布，已探明储量4.32亿吨。硫铁矿：主要分布在利川、建始、恩施等地，已探明储量1.13亿吨。天然气：主要分布在利川、宣恩，已探明储量1500亿立方米。 恩施州有215科、900属、3000种植物和500多种陆生脊柱动物，其中有40余种植物和77种动物属于国家级珍稀保护动植物，是华中地区重要的“动植物基因库”。
恩施州共有树种171科，645属，1264种。其中乔大木60科，114属，249种；灌木32科，89属，228种，约占全国树种的七分之一。经济价值较高的有300余种。属国家重点保护的珍稀树种有水彬、珙桐、秃彬、巴东木莲、钟萼木，光叶珙桐、连香树、香果树、杜仲银杏等40余种，约占全省列入国家重点保护树种的90%。宜林面积广阔，共有宜林面积150.25万公顷，约占全州总面积的61.99%。全州有林地面积106.31万公顷，森林覆盖率为48.4%。
药用资源品种多达2080余种，鸡爪黄连产量居全国前列，板党质地优良，供出口。紫油厚朴，乃国家珍品。党参、当归、黄连、天麻、贝母、杜仲、厚朴、黄柏、丹皮、半夏、银花、百合、舌草等药材种类《本草纲目》所载还多，其品名数量，成交额在全省独占鰲头。特别是中国板党、湖北贝母、鸡爪黄连、紫油厚朴、窑归、天麻、丹皮、首乌、竹节参、江边一碗水，头顶一颗珠等数十种名贵中药材，量大质优，国内外久负盛名。
