1）高活体
干粉益生菌的菌种处于深度休眠状态，进入人体消化道后需要5个小时以上才能复活，经过10小时以上才能复壮扩增种群，因此这类益生菌很难在小肠部位定殖。而益生菌对免疫和代谢的影响主要通过对小肠部位的粘附而实现，所以干粉益生菌主要影响大肠功能，对便秘或部分腹泻有疗效，而对免疫疾病、代谢疾病、部分腹泻以及胃部疾病则难以发挥作用。
活体益生菌（液态活菌），进入人体消化道3~4小时即可自动繁殖，最大限度的干预消化道功能。
2）大剂量
干粉益生菌的含量通常只有1-5g,很难容纳足够数量益生菌，也不能复配足够剂量的益生元，更无法容纳发酵活性物。
而活体每瓶净含量高达60克，无论活菌数还是益生元的含量都是最丰富的，使得其对微生态系统的调节具有明显的效果。
3）种类丰富
目前可用于保健食品的益生菌菌种名单（9种）
两岐双岐杆菌 Bifidobacterium bifidum
婴儿双岐杆菌 B. infantis
长双岐杆菌 B. longum
短双岐杆菌 B. breve
青春双岐杆菌 B. adolescentis
保加利亚乳杆菌 Lactobacillus. bulgaricus
嗜酸乳杆菌 L. acidophilus
干酪乳杆菌干酪亚种 L. Casei subsp. casei
嗜热链球菌 Streptococcus thermophilus
国内目前用于药品的益生菌15种，截止2018年3月底，可用于食品菌种有35个种或亚种，6种为双歧杆菌属， 15种为乳杆菌属， 1种为链球菌属， 3种为乳球菌属、 1种为明串球菌属、 2种为丙酸杆菌属、 1种为克鲁维酵母属、 2种为片球菌属、 3种为葡萄球菌属和1种为芽胞杆菌属。
活体采用的益生菌菌种均符合上述名单的特异性菌株，并根据不同人群需要，在各系列产品中组合搭载不同菌株。目前总计用以下乳酸菌属的至少15-22个菌株在不同产品中组合，包括双歧杆菌Bifidobacterium、乳杆菌属 Lactobacillus、链球菌属 Streptococcus，……等等
4）冷链运输
事实上，无论活体（液态）益生菌还是干粉益生菌都需要低温保存。
但是干粉益生菌产品却被误认为可以常温储运。在非冷链储运过程中由于高温潮湿环境的影响，菌体仍然会失去活性，活菌数量急剧减少导致产品失效。
活体益生菌采用保温包装运输，在整个储运途中均要求低温储存，且产品中提供的养分足以让益生菌长时间的保持足够活菌数和活性。
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