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转录组结果不一致
转录组
验证实验
结果
要与测序一样吗
答:
如D情况,随机出现的概率会比较大,属于验证实验设计不合理,不作为讨论范围。如A情况,属于
结果一致
,为了更好的表示是否一致,建议计算30个基因的相关性系数,趋势只反映上下调,不能反映倍数。一般相关性系数大于0.8,说明一致性较好 如C情况,优先考虑是否是实验组与对照组在某个实验中设置颠倒。如B...
转录组
数据和实时定量相反怎么办
答:
结果不一致的可能原因 1
比对关系 样品的比对关系搞反了
(A vs B)导致了结果相反 2 样本批次 没有用同一批次样本做转录组和qPCR导致了结果差异 3 样本污染 样品存在rRAN污染或者其他物种污染导致了转录组中的FPKM计算有误 4 基因表达量(FPKM)偏低 做qPCR验证的基因表达量(FPKM)偏低...
不同的取样时间,
转录组
测序差异大吗
答:
取样时间的差异主要表现在两方面:1. 表达差异:在不同的时间点,细胞内的基因表达可能会发生变化。例如,在植物叶片的发育过程中,不同时间点叶片细胞中的基因表达会出现差异。因此,不同取样时间点的
转录组
测序
结果
可能会有较大差异。2. 技术差异:即使在同样的实验条件下,不同取样时间点样本的RNA提...
单细胞
转录组
个体差异大怎么办
答:
1、样本选择:确保样本的
一致
性,尽量选择同一种细胞类型和相似的生理状态的细胞进行研究,以减少个体差异对
结果
的影响。2、技术优化:优化单细胞
转录组
测序的实验流程和分析方法,减少技术噪声的影响。例如,可以使用更高灵敏度的测序方法,减少PCR扩增的环节,提高数据的准确性。3、数据分析:在进行数据分...
转录组
学
结果
有误差吗
答:
一定程度上会有误差荧光定量与
转录组
表达是不同的方法,是对特异基因表达量的检测,特异性相对更高
如何处理qPCR验证与
转录组
测序
结果不一致
答:
如何处理qPCR验证与
转录组
测序
结果不一致
qpcr是对量进行检测的多数,你是要看你的转录组的表达量的多少吧,如果与测序做对比是没有明确意义的,实在要做的话,那你需要对你的整个转录本都进行定量才能出来对比结果
如何处理qPCR验证与
转录组
测序
结果不一致
答:
不一致
就是不一致,还能怎么处理。。造假么?找找不一致的原因吧,取样条件、操作流程、人为的还是天然存在的,总之只要能重复的
结果
都是可信任的结果。
转录组
差异分析金标准-Limma-voom实战
答:
比如我们 想看time9与品系I5的差异
结果
有时RNA-Seq需要考虑 批次效应(Batch effect)的影响 构建模型时,需要将batch加在最后,其他不变 或者需要考虑其他因素的影响,比如这里有 一个连续型变量rate,它可能是pH、光照等等对研究材料的影响值 可见rate值并不能成为产生差异基因的原因,但是 rate与基因...
转录组
分析5——差异表达分析
答:
• 现在常用的基因定量方法包括:RPM, RPKM, FPKM, TPM。• 这些表达量的主要区别是:通过不同的标准化方法为
转录
本丰度提供一个 数值表示,以便于后续差异分析。• 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差:测序深度和基因长度。• 测序深度:同一条件下,测序深度越深,...
转录组
丨limma差异表达分析,绘制火山图和热图
答:
white", "red"))(100), scale = "row", border_color = NA, fontsize = 10, show_rownames = FALSE) dev.off()最后,结合专业的知识和上述步骤,你可以深入解读
转录组
数据,揭示基因表达差异的秘密。请参阅知乎文章获取更多实例和深入解读。作者注:mdnice,致力于科学数据解析的多平台分享。
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