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转录组差异表达分析怎么做
转录组差异表达分析
(NCBI中的GEO数据)
答:
1. 数据下载(针对GEO数据库中的数据
分析
)
转录组
数据通常保存在NCBI的GEO数据库或TCGA数据库中。以下是GEO数据库中的数据下载方法。例如,研究某种疾病时,我们需要找出数据的独特之处,如样本量、数据新颖性等。2. 数据分析 常用的数据分析软件有GEO2R和limma。NCBI数据库中的GEO2R软件可直接在线分析...
转录组
测序后
差异表达
基因太多?这4招解决你的难题
答:
首先,对初步筛选的
差异表达
基因,可根据样品特异性选择合适的DEG检测方法,如DEGseq、DEseq2、EBseq、NOIseq或PoissonDis,调整筛选条件以满足具体需求。其次,进行功能注释,通过GO、Pathway
分析
,以及
转录
因子、蛋白互作、致病基因和抗病基因预测,将关注点集中在与研究目标相关的十几个至几十个基因上,确...
转录组
入门(7):
差异表达分析
答:
使用DESeq 进行
差异表达分析
: DESeq 包含三步,estimation of size factors(estimateSizeFactors), estimation of dispersion(estimateDispersons), Negative Binomial GLM fitting and Wald statistics(nbinomWaldTest),可以分布运行,也可用一步到位,最后返回 results 可用的DESeqDataSet对象。 用results获取结果: results的...
转录组
丨limma
差异表达分析
,绘制火山图和热图
答:
首先,确保环境准备充足,安装limma及其相关包,如ggVolcano和ggplot2
。数据预处理则要求样本信息表包含至少两个生物学重复,以确保实验的可靠性和数据的稳定性,而数据格式通常采用TPM(转录本碱基对数量)。核心步骤:1. 通过广义线性模型,运用limma包进行差异表达分析,其中关键函数包括lmFit、contrasts.fit...
转录组
测序5-基因
差异表达分析
答:
转录组
测序是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到
差异表达
基因。RNAseq涉及到原始数据,数据质控,基因组比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集
分析
,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。 上一期视频 基因表达定量 中,我们讨论了在cl...
RStudio | 利用DESeq2包进行
差异表达分析
答:
直接上手,开始操作。更新,
差异
基因可视化教程。需要使用RStudio环境。准备文件:
转录组分析
的基因
表达
量数据(需为原始count数据,勿使用TPM、FPKM等)和样本信息文件。数据格式:基因表达量数据每一行为一个基因,每一列为一个样本;样本信息数据包括样本名称和对应的处理或类型。接下来,进入实践。启动R,...
DEseq2
差异表达分析
答:
一、DEseq2
差异表达分析
1、安装 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("DESeq2")library(DESeq2)2、准备数据 featureCounts定量后的数据,或者FPKM数据(下一遍讲如何获取FPKM)定量后的数据的数据格式如下:colData,其实就是表型...
转录组分析
5——
差异表达分析
答:
• 这些
表达
量的主要区别是:通过不同的标准化方法为
转录
本丰度提供一个 数值表示,以便于后续
差异分析
。• 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差:测序深度和基因长度。• 测序深度:同一条件下,测序深度越深,基因表达的read读数越多。• 基因长度:同一条件下,不同的...
单细胞
转录组差异表达分析
——DEsingle
答:
1、安装 先上包的官网链接 https://github.com/miaozhun/DEsingle/ 安装方法 2、示例数据预
分析
载入包和数据 分组。划重点:这个包奔溃的一点是只能比较两个组。如果srurat出来还几个组,那就只能两两比较。或者,如果各位大神有其他妙招,欢迎留言交流学习。3、个人的具体数据分析 自己的数据是10×...
GEO数据挖掘——
差异
基因
表达分析
答:
GEO数据挖掘的差异基因表达分析是生物研究中重要的一步,它通过挖掘GEO数据库中的海量基因芯片和
转录组
数据,寻找基因表达的差异,揭示潜在的生物学关系和研究新方向。整个过程主要包括数据下载、预处理、
差异表达分析
和可视化等步骤。首先,从GEO下载GSE数据,建议在下载时设置getGPL为False,以便后续单独处理...
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