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转录组测序的原理及步骤
高通量
测序的
名词解释
答:
高通量
测序技术
是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种
的转录组和
基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deep sequencing)。
对
转录组测序
数据怎么找转录起始位点
答:
采用新一代高通量
测序技术
Illumina HiSeq 2000对鸟巢蕨
转录组
(Asplenium nidus)进行测 序,共获得29 254 595个序列读取片段(reads),包含了5 908 586 517个碱基序列(bp)信息。对reads 进行序列组装,共获得42 907个单基因簇(Unigene),平均长度936 bp,序列信息达到了40.16 Mb。数 据库中的...
送
转录组
之前的样品管必须灭菌吗
答:
送转录组之前的样品管必须灭菌。根据调查相关信息显示,
转录组测序的
样品分为五大类:植物、动物、血液、微生物和互作类型,不同的类型对于取样方法和要求不尽一致,但都必须在检测之前杀菌,防止细菌对检测目标造成影响,从而导致检测结果有误差。
做
转录组测序
以后,还需要进行怎么样的分析?请尽量回答的详细一点,谢 ...
答:
之后的分析就要根据研究目的,分析
转录组
之间的差异与相关性了。这后面的分析应该是因人而异了。可以看看相关文献中是如何分析的。
癌症基因组重
测序
第一讲
答:
一、基本组学结构 A, T, C, G所构成的人类基因组信息可经过修饰,由一套DNA遗传基因组延伸至带有甲基化、乙酰化等修饰的表观遗传组,同时基因组也可以按照中心法则衍生出RNA和protein,即分别为
转录组和
蛋白组。二、
测序的
概念 广义:测序是对生命语言中的基本元素,及其修饰和衍生物进行测定和解读,...
液滴型单细胞
测序技术的
比较
答:
单细胞
测序
方法
和原理
系列:单细胞
转录组技术
简史 基于液滴的方法包括15年背靠背发在cell上的 Drop-seq 和 inDrop ,还有17年发在NC上的 10X Genomics Chromium 。三种液滴型方法采用相似
的技术
生成液滴,采用barcode标记细胞,应用UMI进行偏好校正。但它们在beads的制造、barcode的设计、cDNA扩增等不同。
外泌体多组学13-EVs
转录组
综述:cargo内含物
以及
占比情况讨论
答:
TABLE 1 | 使用高通量
测序
显示EV
转录组
含量的报告 Nolte-‘tHoen等人通过高通量测序研究了培养过程中免疫细胞释放的EV中的小RNA含量。从EV中分离出的总RNA大部分是小RNA (<200 nt),含有少量的18S和28SrRNA。这些短RNA片段主要定位于蛋白质编码区和基因组重复序列,包括SINE、LINE和LTR序列。相反,...
请略解释下数字表达谱(DGE)相比于基因表达谱芯片的区别?优势?_百度知...
答:
最大的区别是:芯片上的探针都是固定已知的。只是用不同样本的RNA杂交然后比较差异的表达谱,芯片跟测序是两个概念,
原理
就是杂交。DGE测序可以得到某一状态下的所有
转录
本的表达谱,比芯片覆盖的范围要大。目前
的测序
前的建库都有个PCR扩增
步骤
,所以会有个信号放大的过程,一个序列被测到一次这个基因...
请问目前国内有哪些可以做
转录组测序的
公司?
答:
现在很多公司在做转录组测序,找服务公司,关键看服务质量
转录组测序的
过程中有很多因素能够引起测序的偏移,而一般科研工作者把样品给测序公司后只关注测序的数据量的多少是否符合要求。除测序数据量外,还有很多指标可以衡量转录组测序质量的,如rRNA消除比例、测序duplicated reads的比例、每个转录本的测序均...
RNA sequencing: the teenage years
答:
总的来说,基本上做完一套差异基因需要四个
步骤
在得到了
测序
reads之后,就会把read比对到参考基因组上,工具一般有Tophat,STAR,HISAT。测序产生的cDNA是来源于RNA的,而RNA是由多个外显子拼接而成的,所以这些工具的主要不同是在外显子比对的算法上。 如果没有高质量的参考基因组,就要考虑比对时候先拼接
转录
本,然后...
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