上一篇说道SCDE包进行单细胞测序的差异表达分析。
这一篇就来说说DEsingle这个包。
1、安装
先上包的官网链接
https://github.com/miaozhun/DEsingle/ 安装方法
2、示例数据预分析
载入包和数据
分组。
划重点：这个包奔溃的一点是只能比较两个组。如果srurat出来还几个组，那就只能两两比较。
或者，如果各位大神有其他妙招，欢迎留言交流学习。
3、个人的具体数据分析
自己的数据是10×genomics产生的，所以势必要到Seurat包里面分析一遍。
但是经过Seurat包处理的数据是Seurat格式。
而DEsingle这个包只可以识别SingleCellExperiment格式的数据。
那就。。。。哎~~转换格式吧。
转换格式很简单。
借助于library(SingleCellExperiment)，一键转换。
library(SingleCellExperiment)自己去搜索下吧，不难。
接下来，导入自己的数据。
得到结果之后，就可以开始进行可视化展示了。
关于绘图的部分，我还需要再摸索下。
稍安勿躁，会持续更新。。。。。。