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如何分析转录组测序结果
RNA_Seq
分析
中的标准化(reads_count,FPKM, RPKM, TPM)
答:
基因越长read数目越多,
测序
深度越高,则一个基因对应的read数目也相对越多。所以必须要标准化,而标准化的两个关键因素就是 基因长度 与 测序深度 。我们常用RPKM、FPKM和TPM作为
转录组
数据定量的表示方法。FPKM/RPKM/TPM都是描述相对定量的单位。RPKM: Reads Per Kilobase of exon modelper Mill...
10X单细胞
转录组
整合、转录组 && ATAC整合
分析
之VIPCCA
答:
因此,大多数现有的比对方法不适合整合其他单细胞
测序
数据类型,例如使用测序 (scATAC-seq) 进行转座酶可及染色质的单细胞测定。 此外, 现有的比对方法(如 Seurat)返回的
结果
只能保留真实的细胞间关系(或相似性),而不能代表基因表达水平,不适合进行差异表达
分析
或富集分析等下游分析 。为了应对这些挑...
有谁可以详细讲述一下二代
测序
下机后数据
分析
流程和所用到的软件及程 ...
答:
不同的测序项目,数据
分析
流程及用到的软件有些差异,以
转录组测序
为例,项目分析流程为:数据产出统计-数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。用到的软件有SeqPrep、Sickle、Trinity、bowtie、RSEM、edgeR、BLAST、blast2go、blastx/...
在
转录组测序分析
中,对于没有参考基因组信息的序列
怎样
进行注释,差异...
答:
转录
本是一个基因序列通过一种剪切后所得的能RNA。以前说转录本都是说表达蛋白的。现在LncRNA的研究多了,也说是一个转录本了。还有没有参考基因组序列的,一般是不可能去GO功能注释的。因为去功能注释的时候要有一个背景。
转录组分析怎样
寻找代谢通路基因
答:
那么
如何
进行代谢组与转录组的关联
分析
?总的来说,是基于“参与同一生物过程中的基因或代谢物具有相同或相似的变化规律”这一原理进行分析的。举个例子,研究不同颜色品种的菊花颜色差异的原因,首先通过代谢物检测,发现不同颜色品种的菊花积累的花青素类型和含量并不一致;然后进行
转录组测序
,在众多差异...
转录组分析怎样
寻找代谢通路基因
答:
那么
如何
进行代谢组与转录组的关联
分析
?总的来说,是基于“参与同一生物过程中的基因或代谢物具有相同或相似的变化规律”这一原理进行分析的。举个例子,研究不同颜色品种的菊花颜色差异的原因,首先通过代谢物检测,发现不同颜色品种的菊花积累的花青素类型和含量并不一致;然后进行
转录组测序
,在众多差异...
RNA-seq名词解释(1)
答:
RNA-seq,即
转录组测序
技术,利用高通量测序方法
分析
mRNA、smallRNA、noncodingRNA等RNA分子的表达水平。这项技术常用于识别差异表达基因(DEG)。转录组是指一个生物体或特定细胞类型产生的所有转录本的集合。研究转录组能够从整体上分析基因功能和结构,揭示生物学过程和疾病发生中的分子机制,并在基础研究...
全
转录组测序
构建HPH大鼠ceRNA调控网络
答:
样本:HPH模型大鼠肺组织、对照组大鼠肺组织 实验方法:全转录组测序 测序平台:illumina Hiseq 技术路线图见下:研究结果 1、全
转录组测序结果
初步
分析
对来自HPH大鼠和对照大鼠肺部的6个样品进行全转录组测序。数据标准化后,六个样品的circRNA、miRNA、mRNA的数据集分布几乎相同(图1 A),差异...
单细胞
转录组测序
知识一隅
答:
想了解更多单细胞相关知识,点击查看: 1.单细胞
转录组
(Single cell RNA)概述 2.单细胞转录组亚群
分析
3.单细胞转录组高级分析介绍 4.单细胞RNA系列专题之一:单细胞RNA
测序
中质控之重要细节 (上篇) 5.单细胞RNA系列专题之一:单细胞RNA测序中质控之重要细节 (下篇)10xGenomics单细...
转录组
数据绘制PCA图以及生物学重复的相关问题
答:
为了检测样本之间的离散程度,也就是重复之间差的大不大。1、绘图之前先解答样本重复的问题。
转录组测序
一般情况下需要是三个重复。但是对于完全没有接触过测序的人来讲,就很疑惑:转录组测序为啥一定要生物学重复呢?我不要行不行?为啥大部分要3个重复?4个、5个、666个重复行不行呢?
怎么样
算...
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