般的
转录组测序可以得到大量差异表达基因和调控代谢通路，但由于基因与表型难以直接关联，导致关键
信号通路难以确定，因此往往达不到预期研究目的。相信很多做过转录组测序的老师都深有体会。总感觉中间缺少了一步？没错，就是代谢物！代谢物是基因型与表型之间的桥梁，代谢物的变化更能直接揭示基因的功能，因此能够更有效地揭示生物学及其生化、分子机理。在植物研究中，目前代谢组+转录组的策略已经被广泛运用于植物生理、生长发育、及逆境胁迫研究中。
那么如何进行代谢组与转录组的
关联分析？总的来说，是基于“参与同一生物过程中的基因或代谢物具有相同或相似的变化规律”这一原理进行分析的。举个例子，研究不同颜色品种的菊花颜色差异的原因，首先通过代谢物检测，发现不同颜色品种的菊花积累的
花青素类型和含量并不一致；然后进行转录组测序，在众多差异基因及代谢通路中，我们可以重点研究与花青素合成相关的代谢通路上的基因，从而一方面快狠准地找到导致颜色差异的功能基因，另一方面代谢组的结果也相当于是对转录组结果的验证。