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单细胞转录组学测序
转录组测序
和
单细胞测序
的区别有哪些?
答:
转录组测序
和
单细胞测序
是两种常用的基因
组学
技术,它们在研究基因表达和细胞异质性方面有所不同。以下是它们的一些主要区别:样本类型:转录组测序通常使用组织样本或细胞系等大量细胞的总RNA进行分析,而单细胞测序则从单个活细胞中获取RNA,可以解析细胞个体之间的差异。RNA捕获方式:转录组测序常用的方法是...
单细胞测序
科普2——
单细胞转录组
的数据分析流程
答:
1. 质量控制(QC):这是首要步骤,用于剔除低质量数据和重复细胞。通过检查文库大小、基因特征数量和线粒体基因表达等指标,确保数据质量。2. 归一化:由于技术差异和数据稀疏性,需要对数据进行标准化处理,以克服cDNA扩增偏差和液滴空载等问题。专为
单细胞
RNA
测序
设计的归一化方法优于传统方法。3. 降...
单细胞转录组测序
在肿瘤免疫微环境中的应用
答:
单细胞转录组测序
技术,如SMART-seq2和10x Genomics,提供了对肿瘤浸润性免疫细胞的全面研究。基于微孔板的方法,如SMART-seq2,具有广泛的基因表达谱表征能力,而基于液滴的方法,如10x Genomics,提供了高细胞通量,适用于组织中细胞类型的全面取样。近期,M20 Genomics发布的M20 Seq技术提供了一种基于随...
单细胞
核
转录组测序
答:
单细胞
核
转录组测序
(Single Nuclei RNA Sequencing,snRNA-seq):通过提取样本单细胞核,然后分离、标记细胞核,在单细胞水平研究核基因表达检测的技术。为脑组织、心脏、肾脏等复杂组织或一些珍稀 冻存样品 提供了单细胞水平研究应用平台,可挖掘更多潜在的致病细胞类型,更易于探讨肿瘤细胞异质性和致病机理...
单细胞转录组测序
揭秘成纤维细胞促癌机制
答:
单细胞转录组测序
揭示一类与胃癌临床表现差有关的促侵袭肿瘤相关成纤维细胞 Single-cell RNA sequencing reveals a pro-invasive cancer-associated fibroblast subgroup associated with poor clinical outcomes in patients with gastric cancer 【发表期刊】 Theranostics 【影响因子】 11.556 【发表单位】 ...
技术|
单细胞转录组测序
之Microwell-seq
答:
Microwell-seq 是由华人科学家独立开发的一种
单细胞测序
技术,有高通量、低成本和测序质量高的特点。Microwell给我的感觉与Iontorrent的sequencing chips很相像。Iontorrent的chips是通过将beads加到一个个小孔中测序,以此辨别每个beads上的测序信号。而Microwell则是将单细胞和beads加入小孔中进行反应,本质上...
单细胞转录组测序
知识一隅
答:
单细胞转录组测序
(Single Cell RNA Sequencing)是在单细胞水平对mRNA进行全转录组扩增及高通量测序的一种高端技术,研究单个细胞内的整体基因表达情况,以及基因的结构变异。主要用于细胞分子机制中细胞异质性研究、以及样本量少而无法进行常规高通量测序等。单细胞RNA-Seq提供成千上万个单个细胞的转录谱...
文献解读|
单细胞
联合空间
转录组测序
揭示脑神经炎性星形胶质细胞亚型
答:
通过对约80,000个星形胶质细胞进行
单细胞转录组测序
,发现炎症引起了广泛的反应,亚型星形胶质细胞经历了不同的炎症转变,并具有明确的转录组特征。利用空间
转录组学
和原位杂交技术,研究团队将炎症诱导的反应性星形胶质细胞的关键亚状态定位于大脑区域。这些数据集为分析星形胶质细胞异质性提供了强大的资源,...
行研报告 |
单细胞测序
技术
答:
揭示细胞奥秘的单细胞测序技术:深度解析与未来趋势 单细胞测序技术,作为基因
组学
研究的前沿工具,正在解锁细胞个体差异的秘密,应用于肿瘤、免疫和神经科学研究中展现出无可估量的潜力。通过scRNA-seq(
单细胞转录组测序
)这一核心方法,科学家们得以揭示单个细胞的独特遗传信息,从而洞察分子机制的微妙之处...
单细胞小白课堂 | 10x Genomics
单细胞转录组测序
入门指南
答:
在技术原理方面,Gel Beads(凝胶微珠)在
转录组测序
中用于捕获细胞中的mRNA。每个微珠表面携带有几十万个Oligo序列,用于标记获取的mRNA,实现细胞的
单细胞
水平分析。捕获和建库过程包括细胞裂解、Gel Beads释放引物序列,与mRNA进行逆转录,生成带有10x Barcode和UMI信息的cDNA,然后进行PCR扩增和酶切片段化...
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