Microwell-seq 是 浙江大学郭国冀等人 一篇Cell( doi.org/10.1016/j.cell.2018.02.001 )中提出的一种较为cost-efficient的scRNA-seq。该文公布了首个哺乳动物（小鼠）细胞图谱。
Microwell-seq的特点是使用一种特殊的琼脂糖微孔板，即Microwell作为单细胞捕获的平台。
Microwell的制备如上图所示，其本质是由刻有约10万个小孔的硅片作为载体，再在其上包裹上PDMS和Agarose而成。从图中可以看到，单细胞加样到Microwell后会落入芯片的小孔中，一个小孔只能容纳单个细胞与一个磁珠（其protocol指出一般只有10%的小孔既有细胞又有beads）。图中有黑点的孔就是有细胞loading上的，每一个小孔相当于一个独立的反应腔，之后的细胞裂解，磁珠吸附操作都会在此完成。如此就保证了一个磁珠上的RNA只来源于一个细胞。
Microwell-seq 建库流程如上图所示，基本包括：
Microwell-seq的barcode也是利用一种 UMI 的方法区分不同细胞来源的mRNA。对mRNA的富集是通过oligo(dT)实现的，所以会有3' bias
Microwell-seq 是由华人科学家独立开发的一种单细胞测序技术，有高通量、低成本和测序质量高的特点。Microwell给我的感觉与Iontorrent的sequencing chips很相像。Iontorrent的chips是通过将beads加到一个个小孔中测序，以此辨别每个beads上的测序信号。而Microwell则是将单细胞和beads加入小孔中进行反应，本质上小孔都是提供一种独立反应腔的功能，保证各个小孔的信号不会互相干扰。这也是单细胞分离的要点，即准确地标记出RNA的细胞来源。
以上就是我对Microwell-seq一点粗略的见解。
完。