长航公安局属于警察序列中的交通运输警察（区别于地方公安机关的交警）。是公安中专业警察的一种，其余的有：国家林业局公安局管理的森林警察、铁道部公安局管理的铁路警察、民航局公安局管理的航空警察、海关总署缉私局管理的缉私警察等。
这种警察是属于直属交通部的，最高一级为交通运输部公安局。这些警察在行政序列上属于交通运输部，业务由交通运输部和公安部共同管理。
警服上以胸标区别于普通的公安民警。航运警察的胸标是全国统一的“交通”。
交通部公安局的职能：管理和指导港口、航运公安工作。交通部公安局由交通部、公安部双重领导，业务工作以公安部为主。
处室职责
（一）办公室
1、负责局召开的重要会议及局务会、局长办公会的会务工作和决定事项的催办工作。
2、负责局公文处理、印鉴管理、文秘、档案、保密、机要和行政事务管理工作。
3、负责交通港航公安机关被装管理工作。
4、指导交通港航公安法制工作。
5、指导并参与港航公安警卫工作。
6、负责港航公安机关无线电通讯、计算机网络建设和信息管理工作。
7、负责交通港航《边境通行证》的管理工作。
8、协助编制交通港航公安机关经费预、决算及监督检查经费使用情况。
9、承办局领导交办的其他工作。
（二）二处（交通部公安局消防处、交通部机关保卫处）
1、负责部机关日常安全保卫工作，指导在京直属单位的安全保卫工作。
2、承办部社会治安综合治理办公室的日常工作，督促检查部机关和在京单位社会治安综合治理的贯彻落实情况。
3、组织拟定港航消防管理规章、技术规范和发展规划，并组织实施和监督检查。
4、指导开展消防安全检查和消防宣传工作，组织对重大火险、事故隐患专题研究，提出解决方案，督促落实整改措施；组织研究扑救船舶火灾的战术技术。
5、参与港口重点工程建设项目消防设施的设计审核及竣工验收工作。
6、指导或参与港口、船舶发生的特大火灾爆炸事故扑救和调查处理；负责港航部门火灾爆炸事故的统计、分析。
7、指导港航公安消防队伍管理和业务训练，组织拟定水上公安消防队技能训练规定和港航消防监督员的业务培训及证书的审核、发放工作。
8、拟定港口水上消防队、站的技术装备标准和公安消防船建造标准。
9、承办局领导交办的其他工作。
（三）三处
1、指导交通港航公安机关国内安全保卫、刑侦、治安、监管和港口道路交通安全管理工作及基础业务建设工作，拟定有关法规、规章和细则并监督实施。
2、掌握和研究交通港航敌情、政情、社情等情报信息，提出对策，指导交通港航公安机关预防、侦破危害国家安全案件的工作。
3、指导出国船舶和特资运输的安全保卫工作。
4、掌握港航刑事犯罪动态并综合分析，提出对策；协调指导跨地区和出国船舶的特大刑事案件和暴力犯罪案件的侦破工作。
5、掌握交通港航治安情况，分析治安形势，提出对策措施，部署完成全年或阶段性重点工作，并督促落实。
6、负责交通港航公安业务统计工作。
7、指导交通港航公安机关刑事技术、情报资料和技术侦察工作，组织刑事技术科研课题的研究，交流推广刑事技术新成果、新手段。
8、承办局领导交办的其他工作。
（四）四处(交通部公安局政治部 交通部公安局警务督察处)
1、负责交通港航公安队伍建设和队伍管理工作及交通港航公安机关宣传工作。
2、承办交通公安体制改革的有关工作；承办交通港航公安基层单位机构、编制及录用人民警察的审批工作。
3、负责交通港航公安机关人民警察警衔工作。
4、组织和指导交通港航公安机关立功创模活动，承办交通港航公安机关集体、个人记功的审核和审批工作。
5、负责交通港航公安纪检、监察和督察工作。
6、负责交通港航公安民警教育训练工作。
7、负责局党组的日常工作；承办所属公安局、处领导班子的考核、任免、调配和奖惩等工作；参与考核双重领导港航公安局领导班子；拟定交通港航公安机关加强班子建设的有关规章制度并督促检查。
8、负责局内人事、党务、纪检和监察工作
9、承办局领导交办的其他工作。
航运公安一般维护的是航道安全，配合海事部门管理航道，管理船舶。交通运输公安还负责港口的治安、管理。
地方的水上公安属于地方公安局的派出机关，管理水上治安案件、刑事案件。
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