真菌和细菌都属于微生物，但两者在生物结构、类型、大小、增殖方式和名称上却有所不同。具体区别如下：
一、细胞结构
细菌和真菌都具有细胞结构，属于细胞型生物，在它们的细胞结构中都具有细胞壁、细胞膜、细胞质，但却存在诸多不同，具体表现在：
一是细胞壁的成分不同：细菌细胞壁的主要成分是肽聚糖，而真菌细胞壁的主要成分是几丁质。
二是细胞质中的细胞器组成不同：细菌只有核糖体一种细胞器；而真菌除具有核糖体外，还有内质网、高尔基体、线粒体、中心体等多种细胞器。
三是细菌没有成形的细胞核，只有拟核；真菌具有。
二、生物类型
一是就有无成形的细胞核来看：真菌有核膜包围形成的细胞核，属于真核生物；细菌没有核膜包围形成的细胞核，属于原核生物。
二是就组成生物的细胞数目来看：真菌既有由单个细胞构成的单细胞型生物（如酵母菌），也有由多个细胞构成的多细胞型生物（如食用菌、霉菌等）；细菌全部是由单个细胞构成，为单细胞型生物。
四是真菌细胞核中的DNA与蛋白质结合在一起形成染色体（染色质）；细菌没有染色体，其DNA分子单独存在。
三、细胞大小 真核细胞较大，直径一般为10μm~100μm；而原核细胞一般较小，直径一般为1μm~10μm。
四、增殖方式 真菌为真核生物，细胞的增殖主要通过有丝分裂进行，因真菌种类的不同其个体增殖方式主要有出芽生殖（如酵母菌）和孢子生殖（食用菌）等方式；细菌是原核生物，为单细胞型生物，通过细胞分裂而增殖，具有原核生物增殖的特有方式——二分裂。
五、名称组成
尽管在真菌和细菌的名称中都有一个菌字，但细菌的名称中一般含有：球、杆、弧、螺旋等描述细菌形态的字眼，只有乳酸菌例外（乳酸杆菌），而真菌名称中则不含有。
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