1、存在部位
外毒素由活的细菌释放至细菌体外；内毒素为细菌细胞壁结构成份，菌体崩解后释出。
2、细菌种类
外毒素以革兰氏阳性菌多见；内毒素以革兰氏阴性菌多见。
3、化学组成
外毒素主要成分为蛋白质（分子量27，000～900，000）；内毒素主要成分为磷脂一多糖一蛋白质复合物（毒性主要为类脂A）。
4、稳定性
外毒素不稳定，60℃以上能迅速破坏；内毒素耐热，60℃耐受数小时。
5、毒性作用
外毒素毒性强，微量对实验动物有致死作用（以ug计量）。各种外毒素有选择作用，引起特殊病变，不引起宿主发热反应。抑制蛋白质合成，有细胞毒性、神经毒性、紊乱水盐代谢等；内毒素毒性稍弱，对实验动物致死作用的量比外毒素为大。各种细菌内素的毒性作用大致相同。引起发热、弥漫性血管内凝血、粒细胞减少血症、施瓦兹曼现象等。
6、抗原性
外毒素抗原性强，可刺激机体产生高效价的抗毒素。经甲醛处理，可脱毒成为类毒霉，仍有较强的抗原性，可用于人工自动免疫；内毒素刺激机体对多糖成份产生抗体，不形成抗毒素，不能经甲醛处理成为类毒素。
扩展资料
内毒素脂多糖分子由菌体特异性多糖、非特异性核心多糖和脂质A三部分构成。脂质A是内毒素的主要毒性组分。不同革兰氏阴性细菌的脂质A结构基本相似。因此，凡是由革兰氏阴性菌引起的感染，虽菌种不一，其内毒素导致的毒性效应大致类同。
外毒素由厌氧芽孢梭菌、A群溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、炭疽杆菌等产生；某些革兰阴性菌如霍乱弧菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌等亦能产生外毒素。大多数外毒素在菌细胞内合成后分泌至胞外，且分泌机制相似。
化学本质不同。外毒素是蛋白质，热稳定性差，可以加热失活。内毒素为脂多糖，热稳定性差，加热不失活。
免疫原性不同。外毒素免疫原性强，可以引起较强的免疫反应。内毒素免疫原性差，无法引起强烈的免疫反应。
产生菌种不同。外毒素为革兰氏阳性菌和少部分革兰氏阴性菌产生，而内毒素为革兰氏阴性菌产生。
感染方式不同。外毒素可以分泌的形式进入机体，即外毒素可单独致病，不需要细菌与之同存。内毒素只能在革兰氏阴性菌菌体裂解后释放，所以内毒素的致病一定伴随着细菌的入侵。