土壤中生物是杂居的，种的组成和量的多寡，要受土质、 土层、 食物、季节、耕作措施等因素所制约。表层土壤中有机质含量较高，空气较充足，食物较丰富，植物根系、土壤动物和微生物也就比较多，生物学活性也比较旺盛；随着土层的加深，生物种类和数量就渐次减少，这是垂直分布规律。土壤生物中绝大部分是异养的，以有机物为生，而有机物是愈近植物根部愈多，所以土壤生物也是愈近根部愈多。较大的土壤动物大多是好气性的，在通气良好、湿度较大、温度适中而近中性的肥沃土壤中数量很多、最活泼。藻类具有叶绿素，是自养的，在有机质缺乏而日光充足的地方数量较多。真菌喜酸，在森林土壤中较多；一般土壤系中性或微碱性，细菌占优势；干燥而贫瘠的土壤中则放线菌较多。土壤生物之间的相互关系，复杂而多样化，包括共生、捕食、寄生、偏害寄生、共栖和互惠共生等。合理地利用土壤生物之间的相互关系，可以很好地为农业生产服务。利用昆虫和地下小动物的病原菌，如病毒、细菌、真菌等生产微生物农药，可以防治地下害虫和田间害兽；利用能产生抗菌素的放线菌、真菌等生产农用抗菌素，能有效地防治作物的多种病害；利用硫化细菌可以氧化硫黄产生硫酸，降低土壤的pH值，以抑制放线菌，防止马铃薯的疮痂病；利用根瘤菌、真菌等生产细菌肥料可以使一些树木和豆科作物的幼苗茁壮成长，提高产量；合理地安排轮作，利用前作作物根际微生物对后作作物根际微生物的拮抗关系，可以减低或防止后作作物的病害（如中国北方有的地区种大蒜之后种白菜，白菜腐烂病就大大减少）；将能分解秸秆的纤维素分解菌和固氮菌结合起来施用，前者不断为后者提供不含氮的有机物，后者能固定空气中的氮，又满足了前者的需要，这样既保证了土壤中碳素的转化，又提高了土壤的含氮量，还可以通过它们的代谢产物，促进土壤团粒结构形成，不断提高土壤肥力等等。
