1954年，美军在比基尼岛所进行的核爆实验将方圆几百里内的岛屿均夷为平地，一只即将上岸的庞然大物也在核爆后销声匿迹。1999年，隶属负责探索古老生物的秘密组织“君主计划”（Project Monarch）的日裔科学家芹泽猪四郎与助手薇薇安·葛拉罕，到菲律宾调查一座发生地陷的采矿场，于地下勘验时找到一组巨大古老生物化石，并发现化石旁边寄生著两个具有放射性的巨型细胞蛹；
一个处于休眠状态，另一个已经破壳释出一种生物并逃入太平洋，其顺着洋流游到日本雀路罗市的核电站地底下，获取核辐射作为食物来源。但它突破时所造成核泄漏，导致核电站里的美籍核工程师乔·布洛迪目睹同事兼妻子珊卓和她的队伍被困在反应堆中赴死，而雀路罗市很快就被军方封锁变成核辐射隔离区。
十五年后，乔与珊卓的儿子福特参军当上美国海军爆炸品处理课中尉，得到休假回到美国旧金山和妻小艾儿和山姆团圆，偶然得知乔因为私闯雀路罗市隔离区而被逮捕，其自从妻子身亡后开始走火入魔地调查核事故真相。福特到东京将乔保释，乔表示自己私闯禁地只是想回到老家房子，拿到当年的核电站震源的数据资料来证明观点，最后坚持说服福特和他再次回去。
于是，父子俩冒险回到雀路罗市，首先发现内部辐射已被净空，虽然成功回到老家拿回资料，但走前还是被巡逻队抓捕。父子俩被带至昔日的旧核电站，该地区已被君主计划建立基地，而反应堆上覆盖着某种物质形态的蛹。
芹泽刚好身为基地的负责人，经过多次震动和基地停电，才得知巨型蛹中的生物已将三个反应堆吸食干净。蛹内的一只翅膀巨兽直接孵化逃出、大肆破坏基地，刚好站在吊车通道上的乔直接从高处坠落，福特亲眼目睹巨兽逃出基地、张开翅膀飞至天际。美国军方一早前来接手局势，芹泽将乔与福特一同带到位于日本海的萨拉托加号航空母舰上；
海军上将威廉·史坦兹将巨兽定名为“大型未知陆上生物”，简称“穆透”。乔因为伤势严重而身亡，芹泽对福特以造成巨兽逃出的事故表示歉意后，为福特讲解巨兽的历史以及穆透的由来，并提及一只君主计划致力研究的史前顶级掠食者“哥斯拉”，认为它是唯一能够恢复大自然“平衡”的王者。福特向芹泽供述自己父亲生前提到的回声定位法，让众人解答出穆透一直通过这种定位法来呼唤某只生物。
穆透这时摧毁一艘俄军核潜艇，将其带到夏威夷檀香山岛上进食核弹。它的存在引出海底的哥斯拉，其因为体形庞大而造成海啸，海边一带被淹没后，哥斯拉上岸和穆透正面交锋，穆透在势单力薄下飞行逃跑，哥斯拉则立刻回到海里追随。当萨拉托加号等军舰开始跟随哥斯拉时，另一只体形更为庞大的雌性穆透从十五年前在菲律宾寻获、
被美国军方回收并封存在内华达尤卡山核废料处置库的休眠蛹中破壳逃出，踩碎拉斯维加斯后往旧金山湾前进。史坦兹等军方决定实施靠一颗核弹做诱饵、运至海上引爆以杀死所有怪兽的方案，只有芹泽和薇薇安坚决反对这个方法。福特搭军方运输机回到美国加州，途中乘上运送核弹的火车队伍，但车队却在夜里受到雌穆透的攻击，只有福特一人落入河中才幸免于难。
旧金山市民被紧急撤离至奥克兰，军方在火车残骸营救福特后，将完好无损的核弹继续用船往海上运输。雄穆透从高空飞下将核弹取走，与到达城市的雌穆透会合后，在唐人街挖地下洞建立巢穴。哥斯拉穿过金门大桥赶到城市，和两只穆透正面交锋。由于整座城市受到核武威胁，史坦兹只好派遣海豹部队去城市处理核弹，获救的福特也加入队伍行列。
全员透过高空跳伞至面目苍夷的旧金山，趁哥斯拉和两只穆透交战时赶到巢穴，获取核弹却无法打开计时器开关，只能将核弹抬到码头的观光渡轮上，再运往海面上自行引爆。福特在走前打开地下燃油，将整个巢穴浇油放火炸毁。
哥斯拉在战斗中成功杀死雄穆透，而雌穆透发现它的卵都被烧死后，愤怒地歼灭驻守码头的突击队。福特趁机跑过来启动船只往海上航行却被雌穆透截住，哥斯拉用原子吐息喷进雌穆透的体内而将它烧断头至死，获胜后也因力尽而倒在城市里，福特被军队的直升机救上去后，核弹被船运至远方于远处海平面上引爆。战后，福特来到群众聚集的体育场里；
最终和艾儿和山姆相拥团圆。军方到旧金山开始搜救幸存者时，倒下的哥斯拉深吸一口气后再度站起来，在市民的注视下回到海里销声匿迹。
扩展资料：
角色介绍——
1、福特·布洛迪
美国海军爆炸品处理课中尉，专长拆弹爆破，回到日本原本打算接自己父亲回家，但这次间接成为怪兽袭击的解救人员。
2、芹泽 猪四郎
日籍核物理学家，君主计划的主力科学家之一，毕生的精力都用来研究怪兽上面。
3、乔·布洛迪
美国核物理学家，福特的父亲，雀路罗核电站的主工程师，十五年前的核泄漏中痛失妻子，此后变成试图揭开事件真相的阴谋论者。
1954年，美国发现因为核武器而被唤醒、具有超强破坏力的巨兽“哥斯拉”，并试图使用核弹将其消灭，然而最后仅能使其沉睡于太平洋深处。此后各国便联合展开所谓“帝王计划”，以研究彻底消灭怪兽之方法。1999年，菲律宾某矿区发生地震，参与“帝王计划”的学者芹泽市朗前往调查，在陷坑中发现了虫形怪兽“MUTO（穆托）”的石化卵囊，还发现有只孵化的穆托已经逃逸。同年，日本一所核电厂，因为未知原因的地震引发辐射外泄，工程师乔·布罗迪的妻子遇难。
共15张
新哥斯拉-官方海报概念稿等
15年后，乔·布罗迪的儿子福特，现为美国海军中尉，专长为拆弹爆破。某日，福特接到日方的来电，他的父亲因擅闯废核电厂管制区遭逮捕，需要亲人前往保释。原来乔15年来一直执著于辐射外泄真相之追查，为此与试图忘却丧母伤痛的福特渐渐疏远，妻子艾丽鼓励福特前往日本顺道修补父子关系。
将父亲保释出后，福特在乔的说服下，两人前往废核电厂管制区寻找证据遗物，却赫然发现早已没有辐射污染。
乔和福特顺利找到证物，却在归途中被军人抓捕，押送到核电厂废墟后面隐藏的一个基地。而这个基地则是“帝王计划”的研究场所，致力于研究一个穆托的蛹，并设法困住它。领队芹泽得知乔曾是核电厂的工程师，听闻乔和保安的对话，以及从他身上搜出的资料，发现他和乔怀疑的核电厂事故发生原因竟然相同，是以吸收核辐射为生的怪兽穆托所造成的。本回答被网友采纳
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