相同点：遵循的基本会计理论和会计方法一致，本质上是一个以提供财务信息为主的信息管理系统，不论是手工会计信息系统还是电算化会计信息系统，其最终目标都是为信息使用者提供全面、准确、及时的会计信息。
不同点：
一、所用的计算工具不同
手工会计使用的计算工具是计算器等。
电算化会计所使用的计算工具是电子计算机及一些辅助设备。
二、数据载体不同
手工会计的所有信息主要以纸张为载体。
电算化会计的数据载体除必要的原始凭证外，记账凭证、账簿均可用磁性介质作为信息载体。
三、账簿形式和错误更正方法不同
手工会计中规定日记账，总分类账要用订本式账簿，明细账可以用活页账册；账簿记录的错误要用划线更正法或红字冲正法更正。
电算化会计打印输出的账页是卷带状的，可装订成活页式，作为会计档案保管；电算化会计中，输入数据要经过逻辑性校验(例如，会计科目逻辑校验、借贷金额平衡校验)，因此不需要用划线更正法来更改账簿记录，如果账簿记录有问题，那么一定是合法性问题，往往采用输入“更正凭证”，加以更改，类似于红字冲正法，以便留下改动痕迹。
四、账务处理程序不同
手工会计在进行会计数据处理时，根据会计业务的繁简和管理上的需要，选用其中一种，规定凭证、账簿、报表之间的关系，以及怎样来进行记账，但无论采取何种方式，都避免不了重复转抄的根本弱点，伴之而来的是会计人员和处理环节增多，不加强内部牵制和相互核对，免不了出现错误和舞弊。
电算化会计账务处理中，整个处理过程分为输入、处理、输出三个环节，其控制的重点是在输入这个环节，从输入会计凭证到输出会计账表，一气呵成，一切中间过程都在机内操作，是肉眼看不见的，而需要的任何中间资料，都可以通过查询得到满足。
五、账户设置方法和账簿登记方法的不同
手工会计中，要为会计六大要素分别设置资产、负债、所有者权益、利润、收入、费用等六大类账户，并要设置总分类账和不同的明细分类账。
在电算化会计中，把设置账户定义为：为了将来取得某种信息，预先设置好塑造该种信息的模型(亦称房间)。所有的账户都给予一个科目号(房间号)，这个科目号的*9位，就标志这个会计科目的大类别，前三位标志了总账的会计科目，这样就可以很方便地进行总账、明细账、日记账等各种处理。
六、内部控制制度不同
手工会计中，内部控制是通过凭证传递程序(规定每个工作点应完成的任务，并在传递程序中选择控制点)，相互校验、核对来实现的，此外，还通过对账，检查是否账证相符、账账相符、账实相符等等内部控制方式来保证数据的正确性，堵塞漏洞。
在电算化会计中由于账务处理程序和会计工作组织体制的变化，除原始数据的收集、审核、编码仍由原会计人员手工操作外，其余的处理都由计算机部门负责。很明显，原来的内部控制方式部分地被计算机所代替，由人工控制转为人机控制，后者的控制要求更为严密，范围更扩大，因此，必须加强电算化会计中的内部控制。
参考资料来源：百度百科-手工会计
参考资料来源：百度百科-电算会计